构建系统发育树的方法材料.pptxVIP

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2017-05-17 发布于湖北
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构建系统发育树的方法材料.pptx

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系统发育树构建赵慧 16SrRNA片段获取 DNA提取基因组DNA PCR扩增 16SrRNA 细菌培养液测序序列比对 1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到的两条序列进行组装连接 SeqMan使用方法：1.打开软件如图 2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列（带有图的） 3.点击 Assemble 得到如下图，然后双击Contig1 4.得到下图，减掉两端不好的序列，点击Contig，再点击save consensus ，保存。 NCBI比对 5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对 6.Blast DAN 7.输入组装的DNA序列 8.选择相似的菌种 9.下载FASTA格式 10.MEGA7比对 1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment 然后 OK-DNA 再然后是Edit ---insert sequence from file----选择序列（相似菌和目的菌，fasta格式）----选中序列---点击Alignment ---Align by clustalW----保存（mas格式）构建发育树再点击phylogency----construct/test neighbor- jioning tree-----然后选择上述保存的文件.mas 然后参数选择Bootstrap method 1000 其他默认，点击compute 得到系统发育树谢谢