DGGETGGE技术在微生物基因分类鉴定中的应用-国外医学.PDFVIP

维普资讯 国外医学临床生物化学与检验学分册2005年2月第26趁箩之塑 c1．n堕 坠! · 综 述 · DGGE／TGGE技术在微生物基因分类鉴定中的应用 冯佩英 综述 陆春 朱 国兴 审校 【摘要】 变性梯度凝胶 电泳／温度梯度凝胶 电泳 (DGGE／TGGE)是一种新的电泳技术 该技术 具有分辨能力高、重复性好 、操作简易和节省时间等特点 。现就 DGGE／TGGE技术原理及 目前在微 生物分类鉴定研究 中的应用作一综述 。 【关键词】 变性梯度凝胶 电泳； 温度梯度凝胶电泳 ； 分类鉴定 分子生物学理论和技术的迅速发展给传统微生 生 1．5℃的改变。因此 ，Tm 值可以作为一个特异性 物分类鉴定带来 了巨大的革新。人类可以从遗传进 参数用于双链 DNA分子的分离鉴定。根据这一特 化的角度 ，在分子水平上对 自然界的微生物进行分类 征，Riesner和 Steger于 1989年首先提 出了TGGE 和鉴定，使微生物的分类越来越科学和精确。其 中以 方法。片段电泳迁移率 的不同可由仅仅一个碱基的 DNA指纹图谱为基础的微生物分型方法 日新月异， 改变引起，该碱基 的改变可引起在不同温度条件下 它们包括变性梯度凝胶 电泳 (denaturinggradientgel DNA双链的解链行为不同，从而达到在温度梯度 电 electrophoresis，DGGE)、温度梯度凝胶 电泳 (temper- 泳中分离的效果。 aturegradientgelelectrophoresis，TGGE)、单链构象 为取得好的分离效果 ，通常在 PCR引物 的5末 多态性 分析 (singlestrainconformationpolymor- 端连接上一段长度为 3O～50碱基富含 GC的核苷酸 phism，SSCP)、限制性片段长度多态性分析 (restrie- 序列，该序列被称为 GC夹板。这样甚至可以分辨相 tionfragmentlenghpolymorphism，RFLP)、随机扩 差一个碱基的核酸序列。 增 DNA 多态性分析 (random amplifiedpolymorphic 根据 TGGE温度梯度方向与电泳方向是否一致， DNA，RAPD)、扩增片段长度多态性分析 (amplified 可以进行两种模式 的 TGGE：垂直 TGGE和平行 fragmentlenghpolymorphism，AFLP)等。近年来， TGGE。垂直 TGGE的温度梯度方向与电泳方向垂 DGGE／TGGE技术在国外 比较广泛地用于微生物种 直，用于测定待测双链DNA分子的Tm值，为TGGE 群多样性分析和微生物物种 的鉴定中，并 已发展为成 水平电泳进行样品的精细分离提供合适的温度梯度， 熟的商业性分子生物学技术。现就其在微生物基 因 并判断双链 DNA变性行为 的可逆性 。垂直 TGGE 分类与鉴定中的应用作一综述。 电泳所选用 的温度梯度跨度一般为 5O℃。 目前， DGGE／TGGE技术原理 DNA双链的变性行为可通过 Poland软件进行预测 (网址 ：http：／／www．biophys．uni—duesseldorf．de／lo— DGGE的原理是：在碱基序列上存在差异的不 同 eal／POLAND／poland．htm1)。水平 TGGE的温度梯 DNA双链解链时需要不同的变性剂浓度，DNA双链 度方向与电泳方向一致，一般采用优化后 的电泳条 一 旦解链，其在聚丙烯酰胺凝胶中的电泳速度将会急 件，可用于同时分析多个样品。水平 TG