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三链DNA结构研究进展 洪翔云 （摘要：本文介绍目前发现的两种三链DNA结构模型，即三螺旋型和三链辫状型。 关键词：三链DNA 结构 研究进展 The advancement in Three-stranded DNA structure （the college of Life South China Normal University guangzhou） Abstract: This paper introduce two models of Three-stranded DNA structure. Keywords: Three-stranded DNA structure advancement 0.前言 DNA是遗传信息主要承载体，因此对于其结构及精细功能的研究是上个世纪的热点，并且在这些方面取得了极大的研究进展，特别是在1953年Wanton和Crick提出的DNA分子双螺旋结构模型后。而在DNA双螺旋的结构发现不久， 人们又在生物体外发现了DNA的另一种存在结构——三螺旋DNA。而三链DNA结构是在体外发现的，其存在并未受重视，直到在生物体内发现了三链结构，并证明三链结构在体内起到重要调控作用后，于上世纪九十年代掀起了三链DNA结构研究浪潮，并且发现了另一种三链DNA，也就是三链辫状结构。下面将详细介绍三螺旋DNA与三链辫状DNA的结构。 三链DNA的基础 三链DNA是在双螺旋DNA的结构基础上建立起来的，因此我们必须先回顾一下双螺旋DNA的结构。 双螺旋DNA是由两条互相缠绕且方向相反的单链多聚核酸组成的。单链核酸由是四种核苷酸：腺嘌呤核苷酸(A)，鸟嘌呤核苷酸（G)，胸腺嘧啶核苷酸((T)和胞嘧啶核苷酸(C)组成的。每种核苷酸由脱氧核糖、磷酸和四种碱基之一组成。由于一种核苷酸的磷酸根一边与另外一核苷酸的呋喃糖环上的3碳原子上的羟基相连，同时磷酸根的另一边则与5碳原子上的羟基相连形成磷酸二脂键；因此核酸链就具有方向性。A, T, G，C四种碱基垂直于糖、磷酸基构成的主链一侧，双螺旋的两条链彼此严格互补(A对T, C对G)，碱基对则处于两条链之间；嘌呤和嘧啶间的严格互配保证了双螺旋DNA的空间结构；每圈螺旋由10个核苷酸对组成，长34A，双链宽20A；同时由氢键配对的核酸碱基并不在核酸螺旋的轴上，因此形成的双螺旋是不对称；一面是大沟，一面是小沟，这就是Waston - Crick双螺旋结构的主要内容（见图1）。[1] 三螺旋DNA结构模型 在DNA双螺旋的空间结构中明显地存在两个沟：大沟与小沟。三股螺旋结构是第三股链在双螺旋大沟中，随双螺旋结构一起旋转形成的。而根据第三股链的来源，三链螺旋DNA可以分为分子间三链DNA及分子内三链DNA。分子间三链DNA的第三股链是来自组成三链DNA中双螺旋链以外的核苷酸单链(如右图三链DNA的空间结构模型所示)；而分子内的三链DNA的第三股链是由组成三链DNA中双螺旋链中其中一条核苷酸链折叠回旋缠绕而成的，近来还有研究发现一种由一条核苷酸单链自身回旋缠绕形成的分子内三链DNA[2]（如图3所示）。 在三链双螺旋DNA分子中，无论是分子间三链DNA还是分子内三链DNA，它们的碱基的序列特点是同型嘌呤和同型嘧啶，即整段的碱基均为嘌呤或均为嘧啶。在所形成的三条涟中，一条为嘌呤链，两条为嘧啶链。其中，Watson-Crick双螺旋结构为一条嘌呤链与一条嘧啶链的碱基相互配对，第三条链(第二条嘧啶链)正好处于大沟处，并与双螺旋结构中的嘧啶链一一配对，其糖的方向也一致。[3] 由此根据碱基的组成及结构的不同，三链DNA又可分为嘧啶(Y)一嘌呤(R)一嘧啶(Y)型(Y·RY型)及嘌呤一嘌呤一嘧啶型(R ·RY型)。在每一型中都有其各自的碱基配对方式(图3)。 在三链DNA中，碱基配对有多个模型，其中以Hoogsteen所提出的配对方式为大多数学者所赞同，其仍遵循Watson-Crick的碱基配对原则，即新配对上去的第三个碱基仍为A与T配对，G与C配对，新配对的胞嘧啶在氮3位上必须质子化，即呈C+，从而形成T-A·T三联体和C-G·C+三联体。与Watson-Crick碱基配对原则不同的是，在Hoogsteen碱基配对中，A与T和U与C+之间的氢链均二条。[3] 3.三链辫状DNA结构[4] 白春礼等人(1990)采用STM(隧道扫描显微镜)观察到噬菌体λ—DNA的一种变异结构，获得了辫状DNA图象。这是世界上首次观察到变异三链DNA分子的真实结构。 图(a)~（d）是白春礼等人(1990)用STM得到的三链DNA结构图象。其中图 (a )