基于改进的粒子群遗传算法的DNA编码序列优化.docVIP

《计算机学报》2010年第2期， 2010，33（2） PAGE PAGE 6 基于改进的粒子群遗传算法的DNA编码序列优化 崔光照1),2) 李小广1) 张勋才1),2) 李翠玲1) 1)（郑州轻工业学院电气信息工程学院，郑州,450002） 2)(河南省信息化电气重点实验室，郑州, 450002) 摘 要: 在DNA计算中，DNA编码序列的设计是影响DNA计算可靠性的重要手段。在不同的DNA序列设计中，应该选择适当的约束条件，并且根据相应的约束条件提出每个DNA应该相应满足的评估公式。该文从DNA编码设计应满足的多约束条件中选取适当的约束条件，提出评估公式，并采用改进的粒子群遗传算法来解决多目标优化问题。同时根据得到的序列与已有序列在综合适应度函数结果上进行对比，结果证明了该方法的有效性。 关键词：DNA计算，DNA编码，多目标优化，改进的粒子群遗传算法 The Optimization of DNA Encodings Based on Modified PSO/GA Algorithm Guangzhao Cui1),2), Xiaoguang Li1), Xuncai Zhang1),2), Cuiling Li1) 1)（School of Electrical and Electronic Engineering, Zhengzhou University of Light Industry，Zhengzhou 450002） 2)(Henan Key Lab of Information-based Electrical Appliances, Zhengzhou 450002) Abstract: The design of DNA sequence is important in improving the reliability of DNA computing. Some appropriate constrained terms that DNA sequence should satisfy are selected, and then the evaluation formulas of each DNA individual corresponding to the selected constrained terms are proposed. Modified Particle Swarm Optimization/Genetic Algorithm(MPSO/GA) Algorithm is presented to solve the multi-objective optimization problem. At last the comparison of the results with the known DNA sequences in fitness function value is made to prove the feasibility and efficiency of the method. Keywords: DNA Computing, DNA Coding, Multi-objective Optimization, Modified Particle Swarm Optimization/Genetic Algorithm 1 概述 美国加州大学的Adleman博士[1,2]利用现代分子生物技术提出7个顶点的哈密尔顿有向路问题的DNA分子生物算法，并且成功地在DNA溶液的试管中进行了实验，成为DNA计算发展的里程碑。总的来说，DNA计算可以分为三个步骤：首先是编码，也就是把具体的问题映射到DNA分子链上；其次是通过各种生物酶的作用，在适当的条件下，使各个DNA分子链所代表的问题进行充分的混合杂交反应；最后是萃取阶段，即把杂交反应的结果还原为原问题的解。 通过DNA计算的过程可以知道，编码问题是首要问题。一个好的DNA编码序列就是能够确保随后进行的各种生化反应不出现任何错误，而且反应产物中包含有足够多的稳定可靠的能够被成功提取的原始问题的解。在实际的操作过程中，DNA编码设计就要通过序列优化尽量减少DNA计算过程中的错误杂交。错误杂交的类型可以分为两种[3,4]：第一是假阳性，也就是不完全互补的DNA分子在适当的条件下能够杂交形成双链分子；第二是假阴性，也就是完全互补的DNA分子在反应过程中由于种种原因而没有杂交。假阳性主要是由于杂交的两个DNA分子间的序列有足够的“相似度”而造成的；而假阴性则主要是由反应条件及生化操作本身的失误引起的。为了确保DNA计算结果的可靠性，就必须最大限度的降低错误杂交的可能性。因此我们利用各种约束条件来筛选序列，使之满