第5章蛋白质的三维结构化学.pptVIP

一、研究蛋白质构象的方法 （一）X射线衍射法 （二）研究溶液中蛋白质构象的光谱方法 1、紫外差光谱 2、荧光和荧光偏振 3、圆二色性 4、核磁共振 当φ和ψ的旋转轴所在的两个肽平面处于共平面，并且旋转键两侧的主链处于顺式构型时，规定φ=0o和ψ=0o。 理论上推测α-碳原子的两个单键可以在-180o与+180o间自由旋转，蛋白质会有无数构象，但实际上蛋白质的空间构象数目很少，因为α-碳原子上的两个单键的旋转受多种因素限制.导致多肽链折叠的限制。原因有： 1、 C-Cα和N-Cα间的旋转受Cα上R大小和极性的影响。 2、主链上有1/3是C-N键,带有部分双键性质不能自由旋转 3、当φ和ψ同时等于0度时的构象实际是不存在的. 可允许的φ和ψ值:拉氏图 α-碳原子的二面角允许的范围时多少,印度学者Ramachandran G N（德兰）等人根据原子的范德华半径确定了非键合原子间的最小接触距离(允许距离). 根据此最小接触距离，确定哪些成对二面角（ φ和ψ）所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并以横坐标（ φ）对纵坐标（ ψ ）所作的φ-ψ图上标出。该图叫拉氏图。 四、二级结构：多肽主链的局部规则构象 蛋白质的二级(Secondary)结构是指多肽链的主链C=O和N-H间形成的氢键维系的局部规则构象。 主要有?-螺旋、?-折叠、?-转角和无规则卷曲。 （一）?-螺旋 1.α-螺旋结构是1950年Pauling L（鲍林）等人提出的。 2.螺旋中每个α-碳的二面角φ和ψ分别在-57o和-47o附近,多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转，螺旋一周，沿轴上升的距离即螺距为0.54nm,含3.6个氨基酸残基；两个氨基酸之间的轴心距为0.15nm.每个氨基酸残基的倾角为100度. 3.氨基酸的R基伸向外侧,如果R基不计算在内,螺旋的直径为0.5nm. 4.相邻的两个螺旋圈间形成氢键.氢键的取向几乎与轴平行，第一个氨基酸残基的酰胺基团的-CO基与第五个氨基酸残基酰胺基团的-NH基形成氢键。氢键的通式: 8、非典型的螺旋结构 天然蛋白质还有许多非典型的螺旋结构,为了表示螺旋结构,常采用一种表示方法:ns.n表示螺旋每上升一圈的氨基酸残基数,s表示H键封闭环内参与共价结构的原子数, 典型的α-螺旋结构表示为3.613. 非典型的螺旋有3.010、4.416. （二）?-折叠 (?-片或?-构象) ?-pleated sheet 1、?-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，肽链的主链呈锯齿状折叠构象,Cα-位于锯齿的顶角。R-基与折叠面垂直。 2、?-折叠有两种类型。一种为平行式，另一种为反平行式。 3、 ?-折叠中的每条多肽链叫?-股， ?-折叠也具有重复结构，重复单位含2个氨基酸残基。反平行中的重复周期长度为0.7nm（每个氨基酸残基长0.35nm )，平行的为0.65nm(每个氨基酸残基长0.325nm） 4、稳定?-折叠力主要是链间或链内氢键，在反平行中氢键的取向与链的长轴接近垂直。 5、如果多肽链的氨基酸残基侧链过大,且带有同种电荷时,β-折叠不能形成. 6、平行比反平行的β-折叠更规则，平行β-片一般是大结构，的β-股往往大于5个，反平行的可以只有2个β-股组成。 （四）无规则卷曲 泛指那些不能被归入明确的二级结构如折叠和螺旋的多肽区段. 无规则卷曲经常构成酶的活性部位和其它蛋白质的特异功能部位. 当蛋白质的无序结构处于某一状态时可能是无序的,在另一状态时又是有序的。 五、纤维状蛋白 纤维状蛋白外形呈纤维状或细棒状。纤维蛋白广泛分布于动物体内，是动物体内的基本支架和保护成分，占脊椎动物体内蛋白质总量的一半或一半以上。 纤维状蛋白可分为不溶性蛋白和可溶性蛋白，不溶性蛋白包括：角蛋白、胶原蛋白和弹性蛋白等；可溶性蛋白包括肌球蛋白和血纤维蛋白原。 （一）α-角蛋白 1、主要存在于毛发中,富含α-螺旋结构, α-螺旋轴与角蛋白的长轴大体平行.角蛋白中含胱氨酸多. 2、毛发的α-角蛋白中,两股右手α-螺旋向左缠绕形成超螺旋,直径约为2nm。 3、两个超螺旋再彼此缠绕形成的结构叫原纤维，直径约2-3nm；4个超螺旋彼此缠绕形成的结构叫初原纤维，直径约为4-5nm . 4、约4根初原纤维（含32条α-螺旋）结合在一起形成一根中间纤维（中间丝）。 5、一根毛发的外周是一层鳞状细胞，中间为皮层细胞，皮层细胞的横切面直径约为20μm。在皮层细胞中，许多中间纤维沿毛发纤维长轴排列。 5、α-螺旋结构的伸展性能很好,一根毛发纤维湿热时可拉长原来的2倍.这时α-螺旋间的H键被破坏,变为β-构象,当外力除去后,毛发纤维恢复到原来的状态,主要靠相邻分子的二