激活沉默基因簇发掘微生物次级代谢产物的研究进展-中国医药生物技术.PDF

中国医药生物技术 2015 年 2 月第 10 卷第 1 期 Chin Med Biotechnol, February 2015, Vol. 10, No. 1 77 DOI:10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2015.01.015 ·综述· 激活沉默基因簇发掘 微生物次级代谢产物的研究进展 杨康敏，高向东，顾觉奋 天然产物是指动物、植物、昆虫、海洋生物和微生物体 人员通过采用不同手段、不同途径探索激活沉默基因簇，并 内的组成成分或其代谢产物以及人和动物体内许许多多内 取得一定成果，本文就这一领域的最新进展进行简要综述。 源性的化学成分的总称。在医药产业，天然产物已是新药的 重要来源之一，新的化学单体中，40% 以上都由天然产物 1 聚酮合酶和非核糖体肽合酶系统 衍生而来，而天然产物多数是由微生物的次级代谢过程产 绝大多数次级代谢产物都由非核糖体多肽或多聚酮衍 生[1] 。自 20 世纪 70 年代以来，尽管人们对治疗传染性疾 生而来，其表达过程都有多功能酶——聚酮合酶（PKSs ） 病和癌症的药物需求越来越多，但是，发现新的活性天然产 和非核糖体肽合酶（NRPSs ）的参与。PKSs 和 NRPSs 分 物的速度却在不断下降，传统方法已很难获得新的次级代谢 别利用简单的丙二酰或氨基酸来构建分子片段，并用非常相 产物。如今的 DNA 测序技术已经能够快速、方便地检测 似的方法进行组装[4] 。完整的 PKS 系统由许多模块组成， 大量基因组序列。其结果提示我们：作为天然活性产物的重 每个模块负责一个独立的链延伸步骤，并且可被细分为不同 要来源，尽管细菌和真菌已被深入研究，但其次级代谢产物 的域（domain ）。一个典型的 PKS 模块至少包含一个负责 合成基因簇的数目远远超出我们的预期，仍有大量的次级代 选择和转移延伸单元的酰基转移酶域 AT ，一个负责荷载延 谢产物等待发掘。有两个原因限制了新化合物的发现：①能 伸单元的酰基载体蛋白域 ACP 和负责延伸单元脱羧化缩 够进行人工培养的微生物种类比例极低，目前为止仅有 合的酮脂酰合成酶域 KS 。同样地，NRPS 模块至少包含一 0.1% ~ 1% 的微生物家族成员被成功地在实验室培养[2] ；② 个负责氨基酸活化的腺苷酰化域 A ，一个硫醇化域 T 和一 大部分次级代谢产物合成基因簇在常规实验条件下处于沉 个催化肽键形成的缩合域 C ；此外，有些模块还包含许多 默状态。若这些潜在的生物合成途径被激活，则有可能发现 非必需域（图 2 ）。在细菌中，有许多证据证明 PKS 和 许多新活性产物，打破现有新药研发的瓶颈[3] 。 NRPS 系统还可以共同作用，产生杂合产物[5] 。近年来，根 目前，为激活沉默基因簇，已报道了多种方法，其中包 据 PKS 和 NRPS 系统，并利用基因工程技术，多种激活 括改变微生物的培养条件，例如培养基成分、通气速率、pH 、 沉默基因的有效方法被发展起来。 温度、光照等，使它们产生更多类型或更大数量的次级代谢 产物，即 one strain many compounds （OSMAC ）法。此方 2 过表达通路特异性转录因子 法被成功应用于 aspoquinolone A ~ D 的发现，研究人员发 过表达某种通路特异性转录因子是激活沉默基因簇的 现在构巢曲菌基因组中存在可编码多种邻氨基苯甲酸合酶 有效方法之一，它可同时提高整个基因簇的表达，产生 的基因，后者可催化喹啉或喹唑啉生物碱的合成，通过在不 最终的次级代谢产物，只需操控一个很小的基因。此技术 同条件下培养构巢曲菌，利用紫外光谱法和质谱法筛选后