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基因组时代的分子进化分析导论 Introduction to the analysis of molecular evolution in the genomic era 系统发育（phylogeny）也称系统发展，是与个体发育相对而言的，它是指 某一个类群的形成和发展过程。系统发育学研究是要推断或者评估进化关系。通 过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表（进化树）来描述，这个 进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化（基因树）、物种进化以 及分子进化和物种进化的综合。本课程是将介绍分子进化的前沿知识，以及再大 数据时代运用基因组数据进行系统发育分析的研究思路和研究方法。通过对不同 物种的基因组数据进行比较分析，揭示彼此的相似性和差异性，以了解不同物种 间进化上的差异。综合这些信息能进一步帮助我们了解物种形成的机制、进化历 史，以及某些基因的重要功能。 本课程拟分为三个阶段进行： 阶段一：从浅到深地介绍什么是系统发育和分子进化，内容包括但不限于： （1）系统发育导论 （2）常用的算法和工具 （3）分子进化分析方法介绍 （4） 经典案例和前沿进展 阶段二：介绍运用基因组数据进行分析的方法，内容包括但不限于： （1）算法和工具演练 （2）案例分析 阶段三：邀请客座教授和同学，圆桌讨论系统发育分析的研究方法和研究思路。 教师风采 1 米泽隆弘，复旦大学生命科学学院副教授。1978 年出生于日本福冈。1998-2002 年就读早稻田大学古生物学系。2004 年获得东京大学生物学硕士学位，2007 年 获得综合研究大学院大学生物学博士学位。2007 年进入复旦大学工作，2012 年 晋升为副教授。 主要研究方向为脊椎动物（真兽类哺乳动物）系统发育树及分歧时间推测、 动植物的驯化事件，以及蛋白质编码基因的适应性进化。 井上润，任职于冲绳科学技术大学院大学（OIST）。获得东京大学博士学位， 并先后任职于弗罗里达州立大学（David Swofford 课题组）以及伦敦大学学院 （杨子恒课题组）。作为著名的硬骨鱼类进化生物学家，他有众多一作论文刊登 于国际高影响力期刊，如 PNAS， Systematic Biology, Mol. Biol. Evol.等。 同时，他与杨子恒教授共同研发了对于分歧时间的算法。 西原秀德，东京技术研究所助理教授。获得东京技术研究所博士学位，并留 校，任统计数学研究所助理教授（长谷川政美课题组）。他是反转录转座子进化 2 领域的著名研究者，他尝试运用“反转录转座子方法”来阐明多种物种的系统发 育和群体进化历史。他有众多一作论文刊登于国际高影响力期刊，如 PNAS， Systematic Biology, Mol. Biol. Evol.等。 钟扬教授，中国科学技术大学少年班毕业，无线电电子学工学学士；日本 国立综合研究大学院大学（The Graduate University for Advanced Studies） 生物系统科学博士。1984 -1999 年任中国科学院武汉植物研究所研究实习员、 助理研究员、副研究员(1992)、研究员(1996)、副所长(1997)；1992-1998 年曾 在University of California-Berkeley 和Michigan State University 进行合 作研究 4 年；2002－2006 年曾两次任日本文部科学省统计数理研究所外国人客 员教授；2000 年起任复旦大学生命科学学院教授，植物学和生物信息学博士生 导师。 课程设置 学分：2 学分 学时：36 学时 上课时间：2015 年11 月1 日——11 月30 日 基础知识要求：选课学生应对生命科学与分子进化领域的研究有一定的了解。 3 课程协调员：顾卓雅 电子邮箱：12210700004@ 注：时间、地点如有变动，会邮件另行通知 日期 星期 节次 上课内容