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第三章经典米氏酶动力学理论 第三章 经典米氏酶动力学理论 3.1 酶：作为催化剂的蛋白质 生物体内的很多化学反应，如果只是简单的把反应物放在实验器皿内，那 么其反应速率是非常非常慢的。但是，在19世纪后半叶，人们发现如果把磨碎 的酵母也放到该实验器皿内，那么其反应速率将突然加快：加速将达到1010倍 甚至更多! 早先，生物化学家称之为“生物化学活性”，指的是加速某反应或者改变某 溶液颜色的能力。他们尽其所能的从酵母中分离出不同的物质，并研究其生物 化学活性。最终，他们终于可以提纯并结晶出一种具有生物活性的物质。这就 是生物化学和分子生物学的起源。 酶的催化原理基本上可以由著名的transition state theory来解释，即酶可以大 大降低原反应需要跨越的能量势垒，见图3.1 。那么酶是如何降低该反应势垒的 呢？与此相关的化学理论有Lock and Key, induced fit, conformational selection等。 图3.1 Transition state theory from Pauling. 3.2 产物生成率和倒易关系 这种神奇的物质被称为酶(希腊词，意为“在酵母中”) 。然后人们就开始研究 酶的定量性质。当把给定数量的酶和一定浓度的底物S (底物是生物化学的专有 名词)混合在一起时，人们发现产物生成率J+ 是底物S浓度[S] 的非线性函数；而 1 1 k [E] 实际上， 和 却具有线性关系(因此非S → P 型反应)，这被称作是酶动力学 J [S] – 21 – 3.3. Michaelis-Menten (MM)理论 的双倒数(倒易)关系。这里还需要特别注意的是，实验上所测得的反应速率其 实就是在实验刚开始的一小段时间内的平均速率。 3.3 Michaelis-Menten (MM)理论 在1913年，Michaelis和Menten提出了一种酶反应可能的化学机制(示意图见 图3.2) ： k k E + A EA → E + B (3.1) k− 其中E是酶，A是其底物。该模型的关键在于假设有一个酶和底物结合形成的 复合物( 中间状态)存在，即当A处于酶中一个具有非常低的介电常数的“ 口袋” 中 时(请记住酶是大分子，比底物大得多)，其转化成产物B 的速率将显著地快于它 被水包围的情况，因为此时介电常数很大。实际上，该中间状态一直到上世纪 末才在实验中被间接的证实(LuXie, 1998) 。 图3.2 酶催化反应图示。 以上模型假设反应EA → EB非常快，以至于中间状态EB可忽略，所以直 接考虑B 的释放。给定E 的浓度，然后提高A 的浓度，最终A 的浓度将比E 的浓 度大得多：[A] ≫ [E](方括号是化学中表示浓度的标准符号) 。但是，由于复合 物EA的浓度被E 的总浓度(Etot)所限制，反应式(3.1) 的第二个反应的速率最终 将达到其最大值：k2 · Etot 。这就是非线性关系的来源。 3.3.1 MM动力学方程 引入符号： [A] = a, [E] = e, [EA] = c, [B] = b, e + c = e , a + b + c = a . (3.2) 0 0 然后根据上一章的化学动力学理论(质量作用定律)，我们得到微分方程： da