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如何构建系统发育树 多序列比对软件Clustal和系统发育分析软件Phylip的应用? 1．? 源序列的Fasta格式准备： 访问Ncbi主页，查询书上p109表4－5上p17gag的9个Genbank登录号，找到对应序列后，让其用Fasta格式显示，将这些Fasta格式的序列拷贝进一个word文档中。 2．? Clustal多序列比对——Phylip的源数据文件准备： 访问Clustal主页，将准备好的9个Fasta格式序列都粘贴到其input窗口，将其输出格式选择为Phylip， 然后运行比对。 在phylip9596文件夹中建一个文本文件（如infile.txt），将比对结果中的Phylips格式数据段拷贝存入其中。3）Phylip程序构树：（以邻接法为例） a）自展： 双击运行phylip9596文件夹下的seqboot程序，进入dos窗口；输入文件名infile.txt, 回车；seed=1, 回车；Y（注意R＝100表示自展次数）, 回车，等待计算； 这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个outfile文件，将此文件重命名为seqboot。 b）? 距离计算： 双击运行phylip9596文件夹下的DNADist程序，进入dos窗口；输入文件名seqboot, 回车；D, 回车, D，回车，直到D为J－C置换模型；M，回车，100（表示自展次数）, 回车；Y，回车，等待计算； 这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个outfile文件，将此文件重命名为DNADist。 c）? 构树： 双击运行phylip9596文件夹下的Neighbor程序，进入dos窗口；输入文件名DNADist, 回车；注意N为Neighbor Joining（邻接法）；M，回车，100（表示自展次数）, 回车；Y，回车，等待计算； 这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个treefile文件，将此文件重命名为Neighbor。 d）? 推定一致树： 双击运行phylip9596文件夹下的consense程序，进入dos窗口；输入文件名Neighbor, 回车；Y，回车，等待计算； 这时，你会发现，在phylip9596文件夹下增加了一个outfile文件和一个treefile文件；将outfile文件重命名为outfile.txt, 双击查看可以了解一致树的树型和主要参数； e）? 显示结果（一致树）树形：?????? 双击运行phylip9596文件夹下的drawtree程序，进入dos窗口；输入文件名font1, 回车；x，回车；I，回车；x resolution为 ?????? 400，回车；y resolution为300，回车；Y，回车，再回车两次，显示构树结果。