分子生物力学.ppt

构象变化 IMECH, CAS 特征量定义 IMECH, CAS Shear Loading Rate: 1 ?/ps Inclination Angle: 30° IMECH, CAS 解离微观过程分析 解离微观过程分析 IMECH, CAS IMECH, CAS 解离微观过程分析 不同流速加载的影响 Shear Loading Rate: 5 ?/ps, 1 ?/ps, 0.5?/ps Inclination Angle: 30° IMECH, CAS Shear Loading Rate: 5 ?/ps, 1 ?/ps, 0.5?/ps Inclination Angle: 30° IMECH, CAS 不同流速加载的影响 不同初始倾角的影响 Shear Loading Rate: 5 ?/ps Inclination Angle: 30°60° IMECH, CAS IMECH, CAS 不同初始倾角的影响 Shear Loading Rate: 5 ?/ps Inclination Angle: 30°60° IMECH, CAS 不同初始倾角的影响 结束语 IMECH, CAS 引人入胜的奇景，花园的一角 仍在迅速发展的学科，方向、方法 多学科交叉，人才需求 * 在分子尺度10-100 nm，传统的连续介质力学理论不再适用， 大家知道，所谓力学是研究运动和变形的学科，作为可变形体，生物分子（如蛋白和DNA）在受到机械力时会改变它的的形状和尺寸，或3维构象。这里应用conformation的一个更广义的定义，即包括一个生物分子对给定的分子序列和环境所能出现的所有3维几何构型。特别地，我们用变形来指代受到机械力时的构象改变。但为什么对生物分子的变形感兴趣，以及变形是怎样影响活细胞中的生物化学过程的？要回答这些问题，有必要阐明力与变形规范生物分子结构-功能关系的机制。许多蛋白是在机械应力环境下工作的。例如，选择子粘附于碳水化合物配体上来介导白细胞处于剪切流动下在内皮上的滚动，这可在一个单独的选择子-配体键上施加一个几百皮牛的力。贴壁细胞的肌动蛋白丝可能承受张力，而亚细胞器，如F-actin和微管在机械力作用下可能弯曲和屈曲。当ECM破坏时，fibronectin可能收缩，猜想一些fibronectin区域是在ECM破坏之前去折叠，而在除去应力后再折叠，从而引起收缩。这可能是识别配体的一种感力控制。也可能在血流导致的剪切应力的作用下von Willebrand因子的变形调控了血小板（platelet）粘附，血栓（thrombus）形成，和凝血（coagulation）。（冯威勒布兰德氏病一种遗传病，特征为由于毛细血管不正常导致的皮肤和粘膜表面持续出血）构象 * 细胞粘附介导了许多重要的生理、病理现象，而细胞粘附是特定粘附分子之间的特异性相互作用，比如：内皮细胞表达的P选择素（受体）与白细胞表达的PSGL-1（配体）参与炎症反应初期白细胞的滚动，激活血小板的P选择素与白细胞的PSGL-1参与了血栓形成。要对这些现象及分子功能做定量研究，需要定量描述分子间的相互作用。 * * 在生物学里，在水溶液里发生的受体-配体的相互作用（三维反应），一直就是用 传统化学反应动力学来进行描述的，例如细胞因子和生长因子与细胞表面受体的结合 过程。在这类反应中，通常至少有一种分子处于溶液状态，或者两种分子都处于溶液 之中（图1.2A）。由于处于溶液状态的分子可以在三维方向自由地运动，故而可以很 容易地找到其对应的分子，然后自由地改变空间位形，找到该分子的结合位点发生反 应。在任何一个瞬间，溶液中都有大量的单分子反应同时发生，所体现的是大量分子 反应的统计平均性质。在任何一个时刻体系都处于一个确定的状态，所以可以采用确 定动力学模型来进行描述。三维反应的另外一个特点是，在各个分子键形成的过程中， 并没有外力的作用，反应速率和反应亲和性都是由反应分子本身固有的性质所决定。 * 而生理条件下大多数的受体-配体之间反应则是属于二维反应，例如选择素及其碳 水化合物配体、T 细胞抗原受体(TCRs)与主要组织相容性复合体(MHC)的结合等等。 所谓二维反应，是指参与反应的受体-配体是附着于两个相互接触的表面上，它与三 维反应的差别如（图1.2）所示。要描述处于两个接触表面上的受体-配体之间相互作 用（二维反应），首先要了解在二维条件下受体和配体是如何发生相互作用的。二维 情况下的受体-配体反应具有如下几个特点(图1.2B）：第一、受体和配体分子都被束 缚在底物或者细胞表面，可以有横向扩散（如在细胞膜上），但不能有法向自由运动； 第二、参加反应的受体和配体的分子数目都很少，从而导致出现单