生物信息学常用工具.docVIP

常用DNA和蛋白质序列数据分析工具： 序列比对工具： BLAST： 网络比对，包括基础的Blast比对、参数、特殊Blast如PSI-Blast、Blast2等； 本地比对，包括程序下载、安装、数据库的下载及格式化、Blast程序的运行等。 多序列比对ClustalX（Windows系统） 包括程序下载、安装、及程序的运行、结果的输入输出等。 真核生物基因结构的预测： 基因可读框的识别： Genescan； CpG岛、转录终止信号和启动子区域预测； CpGPlot； POLYAH； PromoterScan； 基因密码子偏好性： CodonW； 采用mRNA序列预测基因： Spidey； ASTD数据库 分子进化遗传分析工具 MEGA； Phylip； 蛋白质结构和功能预测 一级结构 ProtParam蛋白质序列理化参数检索； ProtScale蛋白质疏水性分析； COILS卷曲螺旋预测； 二级结构 PredictProtein蛋白质结构预测； PSIPRED不同蛋白质结构预测方法； InterProScan: 模式和序列谱研究 Prosite：蛋白质结构域、家族和功能为点数据库； Pfam：蛋白质家族比对和HMM数据库； BLOCK：模块搜索数据库； SMART：简单模块架构搜索工具； TMHMM：跨膜结构预测工具； 三级结构 Swiss-Model Workspace: 同源建模的网络综合服务器； Phyre：线串法预测蛋白质折叠； HMMSTR/Rosetta：从头预测蛋白质结构； Swiss-PdbViewer：分子建模和可视化工具； 序列模体的识别和解析； MEME程序包； 蛋白质谱数据分析 软件：X!Tandem、Mascot、Sequest； 蛋白质组学数据统计分析软件：TPP； 基因芯片数据处理和分析 芯片数据的获取和处理：Express Coverter、MIDAS； 芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选：MeV、Cluster、TreeView； 芯片数据可视化：GenMAPP； 芯片数据的检索：GEO； 转录组的数据处理和分析 应用GO注释基因功能和通过KEGG分析代谢途径 系统生物学网络结构分析 软件：Cytoscape。 使用Bioperl模块做数据分析 另外，还需要了解的3大数据库网站NCBI、DDBJ、EMBL以及ExPASy网站的使用。 3 页 共 3 页 第 1 页 共 3 页