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生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法，在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展，生物芯片技术逐渐成熟，正在向着 “高密度，灵活定制，微量样品” 的方向发展，从一个实验室技术发展成一个基因组学研究所依赖的，快速产生海量数据的常规手段，正在逐步走向产业化。第二代测序技术是最近几年建立的高通量技术，其特点是一次测序反应可以产生千万到亿条序列，而测序的成本大大降低，到2010年已经进入数千美元测定一个人全基因组的时代。 上海伯豪生物技术有限公司（简称SBC，上海生物芯片有限公司下属CRO子公司）先后建立了Roche 454技术平台, Illumina Solexa技术平台和ABI SOLiD技术平台，已拥有ABI SOLiD4 System（4台）、Roche Genome Sequencer FLX System（1台）和Illumina Genome Analyzer IIx（2台），已成为华东地区最大的第二代测序中心。能提供的测序服务有：全基因组重测序、全转录组测序、染色质免疫沉淀-测序（ChIP-Seq）、DNA甲基化测序（MBD-Seq）、人全外显子组序列捕获及第二代测序、目标序列捕获及第二代测序。 目前用血液样品做microRNA芯片有两种情况。1、全血：一般是分离白细胞，用试剂盒抽提白细胞中的RNA，随后做芯片实验。一般1-2ml全血即可。2、血清血浆：直接用试剂盒抽提RNA，因为目前发现血清血浆中也有microRNA的存在。一般来讲，血浆的效果要好于血清。一般400ul的血清血浆就可以了。您所问的属于第二种情况。但是做microRNA芯片的总RNA与做表达谱芯片的总RNA不一样，它必须包含microRNA，所以必须用能纯化到microRNA的试剂盒。我们公司抽提含microRNA的总RNA用Qiagen miRNeasy Kit试剂盒 或 Ambion mirVana miRNA isolution Kit试剂盒。 你们做de novo测序拼接用什么软件？一般用多少×的数据量？拼接之后的N50值一般为多少？还有，你们在客户送样后，是如何做质控的。从接收样本，到最后的给数据，能出具怎么样的报告？可否给一个质控以及报告的模板给我看一下？如果我要测一个6MB的基因组，什么价格？你会用什么方法检测？会用454,还是solex,还是solid进行检测，建的文库大小是多少bp？ zjubell，您好：de novo测序拼接，我们一般选用商业化的软件clc bio，或者velvet，oases（这个主要针对转录本）等公共软件。拼接之后的N50值一般没有确定的值， 看什么物种，是genome还是 transcriptome，以及用到的软件，差别很大。 我们会对同一个物种拼接多次， 然后不断修改参数，比较得到一个好的结果。关于样品：对于RNA样品，我们一般要求OD260/280为1.8~2.2，Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8。对于DNA样品。由于我们一般收到样品之后要重新纯化一遍。所以对纯度要求不高，但对基因组完整性要求高，我们一般是跑胶检验基因组DNA的完整性。 Question:“想做血清或血浆 RNA及miRNA表达谱，该用什么芯片呢？”Answer：血清血浆mRNA的含量特别少，几乎没有，目前没有客户用血清血浆做mRNA表达谱芯片。至于microRNA，目前只有Agilent的microRNA芯片能检验血清血浆样品中的microRNA表达量。 请问全转录组测序，可以同时检测mRNA 、miRNA及其他非编码RNA吗？ ebio66您好，感谢您的提问。首先需要向您讲明一个事实。目前，第二代测序的长度有不同的选择。Solexa GAIIx的测序长度是36bp，75bp和100bp；ABI SOLiD3的测序长度是25bp和50bp。不同的测序长度的费用是不同的！目前，我们通常根据测序样品长度的不同而选择不同的测序长度。例如：mRNA测序通常会需要75bp的读长，而microRNA则只需要36bp或者50bp的读长就足够了。关于您所提的问题，技术上是可行的，我们可以以75bp的读长测mRNA的同时测其中包含的microRNA。但是在经济上是不划算的。microRNA比较短，PCR扩增倍数多，形成的cluster多，占用了很多本该属于mRNA测序的资源，而它们本身又用不完75bp的读长，所以造成浪费。一般来讲，如果要进行microRNA测序的话。我们希望能将microRNA分离出来，单独测序。  还有2个问题，1、我看到测序长度有不同类型，如36bp，50bp，75bp，100bp