多巴胺D3R蛋白同源模建及其应用.pdfVIP

第25卷第1期 四川理工学院学报(自然科学版) Vo1．25 No．1 2012年 2月 JournalofSichuanUniversityofScience＆Engineering(NaturalScienceEdition) Feb．2012 文章编号：1673-1549(2012)01-0022-05 多巴胺 D3R蛋 白同源模建及其应用 马丽英 ，徐 四川 (1．凯里学院环境与生命科学学院，贵州 凯里556011；2．云南大学化学科学与工程学院，昆明650091) 摘 要：以分辨率为2．2A的牛视紫红质蛋白的晶体结构为模板，采用同源模建方法，建立D3R模 蛋白。对接D3R模蛋白与刺桐属配体分子，在对接的D3R蛋白的结合腔中选定一个以药物分子为质 心，以半径为6A的空间范围，计算此空间范围内的所有氨基酸残基与配体分子的作用能量，即残基／配 体的结合能或排斥能，据此得到配体分子与受体蛋 白的活性结合位点。 关键词：同源模建；分子对接；多巴胺第三受体 中图分类号 ：064 文献标识码 ：A 多巴胺(DA)是一种重要的神经递质，由于DA受体 dopsin之间的序列一致性和相似性。 亚型的多样性、脑区分布的特异性及其所处突触环境的 用Sybyl7．2技术 ，去掉牛视紫红质蛋 白(rho． 功能差异性 ，使得脑内DA系统成为复杂系统 ，协调地参 dopsin)中的B链，只留下A链及周围一些小分子。将 与运动功能、认知活动和药物成瘾等生理、病理的调控 牛视紫红质蛋白(rhodopsin)中的氨基酸残基由D3受体 过程。精神分裂症、帕金森病的防治和毒品成瘾机制都 的氨基酸残基代替 ，即序列替换。 是神经科学中倍受关注的研究领域，它们都与 DA系统 表 1 rhodopsin与D3受体序列联配表 密切相关 ；DA受体则是神经药理研究中活跃领域之一。 多巴胺受体分为Dl、D2、D3、D4和 D5多种受体亚 型。其中D1和D2受体亚型被统称为 D1样受体，D2、 D3、134受体亚型被统称为D2样受体 。 脑内有两条主要多巴胺神经通路，而D3受体在两 条 DA通路中都有分布，并和其他 DA受体亚型存在着 复杂相互作用。因此，D3受体在帕金森病、精神分裂症 和戒毒中具有重要意义。 D3受体蛋白是一个跨膜蛋白。人工结晶跨膜蛋白 往往是比较困难的，D3受体蛋 白晶体三维结构还没有 得到解析。因此 ，D3受体蛋白分子的获取是一个重要 的科学问题 。 1 同源模建方法 牛视紫红质蛋 白(rhodopsin)晶体结构数据 (PDB 采用同源模建蛋白技术建立 D3R蛋白的三维结构。 库)和D3受体蛋 白氨基酸序列 (基因数据库)见表 1。 此过程用Sybyl7．2技术。除去上述得到的D3R基本骨 视紫红质蛋白一级序列与D3受体蛋白一级序列氨基酸 架结构中水分子。采用 Amber7FF99charge补全 D3R 残基比对，确定模建蛋白序列 D3受体与模板蛋白rho- 的电荷。采用H—bondingtype补加缺失的氢原子。对 收稿 日期 ：收稿 日期：2011—12-20 作者简介：马丽英(1981一)女，河北宣化人 ，助教 ，硕士，主要从事有机化学方面的研究，(E—mail)mlyryq-22@163．com 万方数据 第25卷第 1期 马丽英等：多巴胺D3R蛋白同源模建及其应用 23 于新增加的氢原子，它们在蛋白分子上的几何位置是应 表 2 配体分子结构及其与D3R对接的能量 (单位：kJ·mol ) 当被优化的，氢原子位置的优化是通过Sybyl7．2程序的 Minimize模块 中的Powellmethod模式进行，Simplex met