第4章 WebLabViewer.ppt

* 第四章 WebLabViewer工具软件 WebLab Viewer 是由美国Molecular Simulations Inc (MSI)公司开发的一个显示分子结构和化学信息的化学专业软件。它可以用于构建、显示分子三维空间构型 ,表现生物分子和晶体结构的能力也比较强。 WebLab ViewerPro安装与启动: 在WebLab Viewer文件夹中找到名称为4.0的文件夹，双击后将该文件夹打开。可以直接双击WebLab ViewerPro的快捷方式 。 1. 不同的三维风格展示化合物模型 棍状图(Stick) 球棍(ball and stick) CPK 多面体(Polyhedron) 图4-1 WebLab Viewer显示维生素E的不同方式 WebLab ViewerPro在化学教育中的应用 : 2. 显现生物分子结构 蛋白质(Porin) 胰岛素(Insulin) 3. 构建简单的分子结构 4. 手动查询、修改、编辑、设定分子结构的一系列参数 5. 构建晶体结构 6. 提供分子结构的参数信息 WebLab ViewerPro使用基础: WebLab ViewerPro界面结构 工具栏的调用 菜单View(视图) /Tool Bar（工具栏） 基本的工具栏包含： Main Tools（主要工具栏） (教材表4－1) Tools Palette（工具调色板） (表4－2) Builder Tools（结构工具栏） (表4－3) WebLab ViewerPro的文件操作 文件的打开 : Open Location（打开位置）命令 -可打开网上的文件 文件的存储: 提供了12种不同的存储格式，默认格式为***.msv。 在Office和其他绘图软件中进行调用:先用***.msv的格式进行存储，再用.bmp、.jpg、.gif格式进行保存 。 视图功能的使用 : 打开观察范例文件 视图方式的选择:旋转按钮 平移按钮 缩放按钮 其他视图功能的选择 View(视图)菜单Fit to Screen（适合屏幕） 或者在 Main Tools（主要工具栏）中选择按钮 View(视图)菜单Spin（连续旋转）命令 View(视图)菜单/Options…(改变背景颜色） View（视图）菜单/Display Style（显示风格）命令 或者在Main Tools中选择风格设置按钮 View（视图）菜单的简介 : 风格设置： Atom Display Styles（原子显示风格） Label Display Styles（标签显示风格） 注：先选Tools（工具）/Labels（标签）/Add（添加）命令 Protein Display Styles（蛋白质显示风格） DNA/RNA Display Styles（DNA/RNA显示风格） 基本化学分子结构的绘制 链状分子绘制:调色板工具栏 (Tool Palltte) 画笔(Sketch)工具和链(Chain)工具: 加氢工具(add hydorgens) 优化工具(Clean Structure) 设置键的类型 : 菜单modify（命令）/Bond（键） 或者在Builder Tools工具栏中选择 环状分子的绘制 画环工具 按Ctrl键则画芳香键 Modify(命令)菜单/Element（元素）/Table（表格） 或者在Builder Tools工具栏中 或者鼠标右键/Change Element 设置原子类型 文本的使用 注解工具的使用 文本框 文本插图编号 Tools Palette（工具调色板）: ★注:文本输入只支持英文. 文本修改： 鼠标右键/ 手动检查及调整结构 Tools（工具） /Monitors（监视）/Distance（距离） 测量: 任何两个相邻的原子-键长 任意两个原子之间的距离 (先按住shift键选择 ) Tools（工具）/ Monitors（监视）/Angle（角度） 测量:键角(先按住shift键选择任何三个相邻的原子) 去掉显示出的角度、距离等:Tools（工具）/Monitors（监视）/Remove（撤消） 显