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热学（求是科学班） 第十五节分子动力学模拟 吴建澜 浙江大学物理系 2014年 分子动力学（MD）模拟  分子动力学模拟是应用于物理、化学、生物等多个领域非常 重要的一种计算机模拟手段。  分子动力学模拟的理论基础是经典牛顿力学定律在多粒子 （原子、分子）体系的应用。  分子动力学模拟既可以研究非平衡的动力学过程，也可以研 究平衡态的统计规律。 初始化 时间演化 数据分析 经典力学 对于一个经典力学下的物理系统，我们可以根据牛顿力学定 律写出它的运动方程