可可西里土壤样品中细菌多样性分析.pdfVIP

微生物学通报 JUL 20, 2011, 38(7): 1132−1139 Microbiology China © 2011 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ 主编点评文章 可可西里土壤样品中细菌多样性的分析 苏进进 张玉琴 孙莹 靳蓉 赵莉莉 王宇 陈杰 苏静 余利岩* ( 100050) 摘 要: 采用纯培养和免培养相结合的方法对来源于可可西里的一份土壤样品中的细菌多样性进 行了初步研究。纯培养实验使用了 6 种分离培养基, 共得到细菌 19 株, 其中放线菌7 株, 非放线 菌细菌12 株。这些菌株分别属于叶杆菌属(Phyllobacterium) 、贪食菌属( Variovorax) 、假单胞菌属 (Pseudomonas) 、链霉菌属(Streptomyces) 、小月菌属(Microlunatus) 、原小单胞菌属 (Promicromonospora) 、韩国生工菌属(Kribbella)和芽孢杆菌属(Bacillus) 8 个属。免培养分析采用基 于通用引物 PCR 扩增的细菌 16S rRNA 基因文库的方法以及变性梯度凝胶电泳(DGGE) 。16S rRNA 基因文库分析结果表明, 该土壤样品细菌群落可划分为 19 个OTUs, 分属于5 个不同纲, 优 势顺序为β-Proteobacteria (75%), α-Proteobacteria (9%), γ-Proteobacteria (7%), Actinobacteria (7%), Firmicutes (2%) 。变性梯度凝胶电泳分析表明, 该样品细菌多样性指数 Shannon-wiener index 为 2.68, 表明其中微生物多样性较低, 这可能和其所处的极端环境有一定关系。比较纯培养和免培养 的实验结果发现, 土壤中的一些优势细菌并没有被有效地分离, 需要在针对特定微生物设计特定 培养基及培养条件进行选择性分离上做更多的探索研究。 关键词: 可可西里, 纯培养, 免培养, ARDRA, 16S rRNA 基因文库, DGGE Diversity of culturable and unculturable bacteria in soil samples from Hoh Xil, China SU Jin-Jin ZHANG Yu-Qin SUN Ying JIN Rong ZHAO Li-Li WANG Yu * CHEN Jie SU Jing YU Li-Yan (Institute of Medicinal Biotechnology , Chinese Academy of Medical Sciences Peking Union Medical College, Beijing 100050, China) Abstract: Hoh Xil that is situated at the Yushu Tibetan Autonomous Region in southwest Qinghai, is one of the most primitive and well-preserved natural environment in the world. The microbial di