核酸结合蛋白.pptVIP

第17章核酸结合蛋白;基本概念和定义;;一.核酸被蛋白识别;;;;;;大肠杆菌16S  rRNA的二级结构;I 类内含子的二级结构;;植物病毒和类病毒;;;;;;;;;RNA的三链结构;tRNA的三级结构（L型）：;;DNA和RNA结合蛋白中基本的识别结构;The ribbon-helix-helix motif.;;;二 蛋白中的DNA结合基序;Lac阻遏蛋白;;;λ的CI蛋白;;;;;;;;;;同源异形结构域（Homeodomains，HD）;;触角足蛋白的同源结构域;POU(pit-1,oct-1,oct-2,和线虫unc-86基因)结构域;POU转录因子;配对功能域（paried domain）：果蝇和脊椎动物的 Pax-配对盒-转录因子含有两个HTH模体。相关蛋白含有第二个HTH模体和一个与Hin重组酶同源的组件，一道组成了独特的配对功能域(paried domain) ;;;;Human PAX-6 paried domain;;;;;;;二、半胱氨酸-组氨酸锌指 1、锌指结构 是第一个被发现的真核细胞中同 DNA结合有关的结构，在细菌中十分少见。 2、结构特点：有β发夹和一个相邻的α螺旋。以一对半胱氨 酸和一对组氨酸在12个氨基酸残基组成的环中和锌离子 配位。环状结构核心序列保守（ C-X2-4-C-X2-4-F-X5-L- X2-H-X3-4-H),突出于蛋白表面，顶端碱性残基同DNA分 子大沟作用。;;;蛋白 ;;锌指可形成?- ?-helix插入大沟，与其相连接的?- sheet 在另一侧 ;糖皮质激素和雌激素受体都有两个“指”，每个指在Cys四分体的中央带有一个锌原子。两个指形成α-螺旋，彼此折叠成一个大的球状功能域。α-螺旋与螺旋相连的β折叠一道形成一个疏水中心。N-端螺旋的一侧和DNA的大沟接触，两个糖皮质激素受体形成二聚体和DNA结合，每个受体负责和连续的大沟接触。每个“指”控制着受体的重要特点。图表明在第一个“指”的右侧控制DNA的结合，在第二指的左侧控制着形成二聚体的能力。 ;; 爪蟾TFШA锌指结构域;三、半胱氨酸锌指 1、结构特点：含锌的DNA结合结构域只用半胱氨酸配位锌 2、核受体家族的DNA结合结构 （1）DNA结合结构为一个包含两相互垂直α螺旋的球形结构 （2）以二聚体的形式结合DNA;表 Cys2/Cys2型的调节蛋白 ; 糖皮质激素受体-DNA复合物;GAL-4的锌双合簇的结构（左：前视图；中：测视图 右：俯视图（拉链作为二聚化结构）;; 四、碱性结合结构域（bZIP及bHLH) 亮氨酸拉链（Leucine ziipper）和螺旋-环-螺旋（HLH） 1、结构特点：高度碱性的α螺旋作为同DNA的基本识别结构， 螺旋通常以二聚体的形式存在，二聚化结构域一样为DNA 结合所必需。 2、结合机制：碱性结构域在溶液中采用一种无序的部分螺 旋结构，当同DNA结合时，这种结构发生了变化而诱导了 典型α螺旋的形成。;;;;;GCN4二聚体结构 小鼠Max蛋白;螺旋一环一螺旋（HLH，helix-loop-helix）;;;类组蛋白结合模体;类组蛋白结合模体;;六、其他DNA结合基序 1、乳头瘤病毒的E2蛋白 包括4个β链和一个突出的α螺旋，二聚体形成β桶状结构;E2 蛋白;带-螺旋-螺旋模体;3、The Rel家族 Rel同源结构域(RHB)包含由铰链区连接的免疫球蛋白折叠。 Rel蛋白有形成二聚化的倾向 ; 17.3 蛋白中RNA结合模体 一、RNP结构域 1、结构特点：两种保守模体构成更大结构的一部分，大的 结构由4个β链和两个α螺旋以β-α-β-β-α-β的拓扑 结构组成,RNP1和RNP2模体位于一个四条β折叠的中心β 链处 2、代表：U1A剪接体蛋白;; 17.4 蛋白，核酸结合的分子基础 一、核酸与蛋白的直接作用 1、核酸蛋白直接作用的途径 （1）蛋白侧链同碱基作用——序列特异性相互作用的主要 形式； （2）蛋白主链同碱基作用； （3）蛋白侧链同磷酸骨架的作用； （4）蛋白主链同磷酸骨架的作用。 2、存在于蛋白和核酸相互作用中的非共价相互作用：氢键、 范德华力、疏水作用、静电作用及静电链、核酸自身的 氢键、碱基堆积作用和蛋白氨基酸残基之间的吸引和排 斥 二、水在核酸蛋白相互作用中的作用 1、负责结合反应的亲和力和特异性 2、流动性增加了蛋白结合对接触面突变的适应性;三