第九届华为杯研究生数学建模 参考论文 A题.pdfVIP

第３４卷第４期 南　京　工　业　大　学　学　报　（自然 科 学 版） Ｖｏｌ．３４Ｎｏ．４ ２０１２年７月 ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＮＡＮＪＩＮＧＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＯＦＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ） Ｊｕｌｙ２０１２ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７１－７６２７．２０１２．０４．０２７ ＤＮＡ序列信号３周期特性 １ １ ２ １ 邵建峰 ，严晓华 ，邵　伟 ，刘国庆 （１．南京工业大学理学院，江苏 南京 ２１０００９； ２．南京工业大学 电子与信息工程学院，江苏 南京 ２１０００９） 摘　要：在利用离散傅里叶变换（ＤＦＴ）对数值化映射后的基因序列进行频谱分析中，ＤＮＡ序列信号频谱３ 周期 性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。给出推广后的频谱信噪比（ＳＮＲ）定义，该定义具有更广 的适用性并且适合快速计算；对不同种类生物基因的编码和非编码区域的信噪比进行计算和统计分析，在此基础 上提出３种分类阈值确定方法；对影响信噪比和阈值确定的因素，以及基于３ 周期性的基因识别方法正确率的局 限性等也做了较深入的统计分析。 关键词：功率谱；基因编码区序列（外显子）；３周期性；信噪比；分类阈值 中图分类号：Ｑ８１１４　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１６７１－７６２７（２０１２）０４－０１３３－０５ ３ｐｅｒｉｏｄｉｃｉｔｙｏｆＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｇｎａｌｓ １ １ ２ １ ＳＨＡＯＪｉａｎｆｅｎｇ，ＹＡＮＸｉａｏｈｕａ，ＳＨＡＯＷｅｉ，ＬＩＵＧｕｏｑｉｎｇ （１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＳｃｉｅｎｃｅ，ＮａｎｊｉｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１０００９，Ｃｈｉｎａ； ２．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃａｎｄＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＮａｎｊｉｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１０００９，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ３ｐｅｒｉｏｄｉｃｉｔｙｏｂｔａｉｎｅｄｂｙｄｉｒｅｃｔＦｏｕｒｉｅｒｔｒａｎｓｆｏｒｍ（ＤＦＴ）ｉｓｗｅｌｌａｃｋｎｏｗｌｅｄｇｅｄａｓａｎｉｍ ｐｏｒｔａｎｔｆｅａｔｕｒｅｔｈａｔｃａｎｂｅｕｓｅｄｆｏｒｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｉｎｇｇｅｎｅｃｏｄｉｎｇｒｅｇｉｏｎｓｏｆａＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅ．Ａｎｅｘｔｅｎｄｅｄ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎｏｆｓｉｇｎａｌｔｏｎｏｉｓｅｒａｔｉｏ（ＳＮＲ）ｗａｓｐｒｅｓｅｎｔｅｄ．Ｔｈｅｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｏｄｉｎｇ／ｎｏｎｃｏｄｉｎｇｒｅ ｇｉｏｎｓｏｆｇｅｎｅｓｆｒｏｍｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｐｅｃｉｅｓｗａｓｃａｒｒｉｅｄｏｕｔａｎｄｔｈｒｅｅｍｅｔｈｏｄｓｆｏｒｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｔｈｅｃｌａｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｔｈｒｅｓｈｏｌｄｖａｌｕｅｗｅｒｅｐｒｏｐｏｓｅｄ．Ｆｕｒｔｈｅｒｍｏｒｅ，ｔｈｅｉｎｆｌｕｅｎｃｉｎｇｆａｃｔｏｒｓｏｆＳＮＲａｎｄｔｈｅｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎｏｆ ｔｈｒｅｓｈｏｌｄｖａｌｕｅ，ａｎｄｔｈｅｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｓｏｆｇｅｎｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｂａｓｅｄｏｎｔｈｅ３ｂａｓｅｐｅｒｉｏｄｉｃｉｔｙａｒｅａｎａｌｙｚｅｄ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｐｏｗｅｒｓｐｅｃｔｒｕｍ；ｇｅｎｅｃｏｄｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅｓ（ｅｘｏｎｓ）；３ｐｅｒｉｏｄｉｃｉｔｙ；ｓｉｇｎａｌｔｏｎｏｉｓｅｒａｔｉｏ；ｃｌａｓｓｉｆｉ ｃａｔｉｏｎｔｈｒｅｓｈｏｌｄ 　　基因就是一段包含遗传信息的脱氧核糖核酸 后仍会被保存下来，并可在蛋白质合成中被转录、合