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序列数据格式创新
序列数据格式
朱嵊
生物化学与分子生物学系
What is Data format？
Data format or File format
定义
a standard way that information is encoded for storage in a computer file
数据保存在文件或者记录中的编排格式
例子
PNG, doc/docx, html, fasta, fastq
序列文件格式
Common sequence files
Files from Sequencing platform
Files from alignment/mapping
Other files
Common sequence files
FATSA
Qual
Genbank
Fastq
FASTA
QUAL
Genbank
FASTQ
Files from Sequencing platform
ab1
sff qual
csfasta
illumina Fastq
ab1
峰图文件 or 色谱文件
sff
Sff to fastq
Sffinfo (454)
sff_extract.py
sff2fastq
csfasta
Illumina Fastq
Files from alignment/mapping
blast输出格式（m=8 or 0）
多序列比对格式（aln ）
mapping格式（SAM/BAM）
BLAT（PSL）
BLAST (m=0)
BLAST (m=8)
aln
SAM/BAM
PSL(BLAT)
Other files
GFF/GTF
ACE
BED
GFF/GTF
ACE
定义：储存序列拼接结果的文件
BED
定义：代表基因组属性和注释信息
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