20110906_基因芯片公共数据获取及利用.pdfVIP

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其明生物信息 基因芯片全球共享 数据应用方法 李奇 研发部经理 基因芯片与生物信息领域从业9年 全球共享数据的利用价值 前瞻 准确 节约 权威 核心数据库  NCBI-GEO数据库 GEO = Gene Expression Omnibus (基因表达精选集)  EBI-ArrayExpression数据库 EBI = 欧洲生物信息研究所 1.5万篇论文 使用公共的GEO数据发表研究结论 数据共享的宗旨和原则 如何引用GEO数据 查询实践 其明 信息 发现之旅 • 疾病/ 用药 性状 • 组织/ 细胞 • 组织/ 性状特异性表达量 基因 • DNA结构变异/ 转录调控 • 拷贝数变异/ SNP 检测平台 • 基因表达谱/ miRNA • 甲基化/ 转录调控因子 全球基因芯片共享数据的缘起 样本数量 Lung cancer 项目数量 GDS### 数据据集编号 GPL### 检测平台类型 编号 GSE### 研究项目编号 GSM### 样本编号 检测平台 样本分组 基因注释信息 每个样本每个基因的表达值 详细实验设计 详细样本分组说明 详细基因注释信息 芯片注释信息 试验设计 论文 有大量数据未发表 论文 芯片检测平台 样本列表 实验设计 基因芯片信号值 基因注释 Txt文件格式 基因芯片信号值 可用Excel打开 实验设计 基因芯片信号值 基因注释 XML格式 原始值 芯片检测 平台描述 GEO的组织原则 提交者 • 检测平台信息:GPL • 样本信息:GSM 维护内容 • 项目描述:GSE

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