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其明生物信息
基因芯片全球共享
数据应用方法
李奇
研发部经理
基因芯片与生物信息领域从业9年
全球共享数据的利用价值
前瞻 准确
节约 权威
核心数据库
NCBI-GEO数据库
GEO = Gene Expression Omnibus (基因表达精选集)
EBI-ArrayExpression数据库
EBI = 欧洲生物信息研究所
1.5万篇论文
使用公共的GEO数据发表研究结论
数据共享的宗旨和原则
如何引用GEO数据
查询实践
其明
信息
发现之旅
• 疾病/ 用药
性状 • 组织/ 细胞
• 组织/ 性状特异性表达量
基因 • DNA结构变异/ 转录调控
• 拷贝数变异/ SNP
检测平台 • 基因表达谱/ miRNA
• 甲基化/ 转录调控因子
全球基因芯片共享数据的缘起
样本数量
Lung cancer
项目数量
GDS###
数据据集编号
GPL###
检测平台类型
编号
GSE###
研究项目编号
GSM###
样本编号
检测平台
样本分组
基因注释信息
每个样本每个基因的表达值
详细实验设计
详细样本分组说明
详细基因注释信息
芯片注释信息
试验设计
论文
有大量数据未发表
论文
芯片检测平台
样本列表
实验设计
基因芯片信号值
基因注释
Txt文件格式
基因芯片信号值
可用Excel打开
实验设计
基因芯片信号值
基因注释
XML格式
原始值
芯片检测
平台描述
GEO的组织原则
提交者 • 检测平台信息:GPL
• 样本信息:GSM
维护内容 • 项目描述:GSE
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