全基因组检测及遗传病筛查.ppt

Autism 孤独症谱系--智力落后 1.8 AUTS8 位于3号染色体的长臂(3@5一q27)区域。Auranen等(2002)在对38个芬兰孤独症家系的研究中发现1/3先证者的直系亲属有艾斯伯格综合征或进行性吞咽困难。在对其中19个只有孤独症患者的家系的研究中发现了3q25一q27与孤独症的连锁。在D3S3037处得到的最大两点LOD值为3.16，另外包含艾斯伯格综合征的l8个家系的I 0D值为4.3l。 　　l.9 AUTS9 位于7号染色体的长臂(7q31)区域。国际孤独症分子遗传学研究协会(1998)对87个患病同胞对和12个非患病同胞对共99个家系进行了研究，在6条染色体同时得到了多个最大L0D值 1的区域，其中7q3l一(t34最为明显。只用其中的87个患病同胞对进行分析时，在D7S53O和D7S684区域得到最大I OD值为2.53 。Lamb等(2005)在对219个受累同胞对的研究中发现了7q上的两个连锁位点，分别为D7S477和D7$530与D7S640之间的区域。D7$530多点连锁分析最大I.OD值为2.31;又增加了145个男性同胞对后，L0D值在D7S480与D7S530区域增至2.55。这提示基因印记在孤独症的发生中有重要作用 。Trikalinos等(2006)对9项孤独症或孤独症谱系疾病基因组扫描研究做了荟萃分析，得出7q22一q32与孤独症有明显连锁。 　　1.10 AUTS1l 位于l号染色体的长臂(1q24)区域。Buxhaum 等(2004)对62个至少有两名孤独症或孤独症谱系疾病患者的家系进行了研究，家系的选择依据患者是否有强迫观念与行为。研究发现1q24.2与孤独症有连锁，在D1S1 65l处的多点I OI)值为3.O6，两点非参数LOI)值为3.21.连锁位点位于I)1$547与D1$346之间 。Barlett等(2005)用后验概率连锁(posterior probability linkage PPI )也得出l(t23一q24区域与孤独症有明显连锁 。 　　 FISH skew : High False Positives And Negatives歪曲了周围区的缺失—分辨率粗糙 HER2 False Positive by FISH Centromere deleted Relative to centromere Her2 is “gained” Her2 False Negative Chr 17 amplified Her2 relative to centromere “not gained” 二代测序与全基因组芯片比较 NGS相关产品 Cytoscan 备注 精确度 精确度与测序深度有关，目前的成本不到1个reads的coverage很难保证结果的精确性 50kb。有多篇文献甚至报道发现的CNV小于50kb。FDA的认证也认可这样的分辨率 测序深度对于数据的可靠性非常重要，目前的NGS都未很明确的标注深度，对其CNV检出能力值得怀疑 基因组覆盖度 由于Coverage的偏差，每次run的结果可能都不一致 CNV+SNP设计，全基因组覆盖 稳定性 科诺安仅做了85例的与SNP芯片对比试验，得出的重复性结果值得怀疑 FDA认可Cytoscan作为遗传病的检测手段，证明其稳定性高 技术原理 测序有于在构建测序文库的过程中有PCR放大的过程，因此相对灵敏度较高（需要高覆盖倍数的测序深度配合），但也由于PCR放大过程的不均衡性，样品中片段的内在浓度比例常常会被破坏掉。造成结果的假阳性等 由于是核酸杂交，不需要扩增，是封闭的系统，保真性高 数据库参考 目前没有统一的libarary文件供NGS平台，得到的对比结果值得怀疑 ISCA，DGV等权威芯片数据库供客户参考及对比 检测周期 文库构建，及结果分析非常复杂，需要有经验的生物信息团队进行分析 2.5个工作时间出结果，好用的chas软件，数据分析过程简单直接 操作流程 无需胞培养 无需细胞培养or对照DNA 检测通量 高 一张芯片一个样本，符合临床诊断封闭式环境的要求。同时提供autoloader，一次可检测48个样本 样本量要求 更少，DNA量50ng即可 50ng/ul 能否检测嵌合体 不能 20%的嵌合体 Chas软件可以很直观分析嵌合体 检测成本 目前市面上1个reads不到的DNA测序收费在2500左右，但这么低的reads数，结果的一致性和准确性值得怀疑 临床资质 无 有，系统有SFDA，FDA及CE认证，芯片有FDA证 之前的无创已经被喊停，说明测序技术上临床的稳定性和可靠性值得怀疑 研发过程 仅1000例样本的参考文件 探针从2000w条探针库挑选，上市前超过3000例真实样本