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基于分子信标的可满足性问题的粘贴模型 　　摘要：为了解决NP完全问题中的可满足性问题，将分子信标和粘贴模型的优势结合起来，设计了一种新的以分子信标为粘贴链的粘贴模型，并将该模型应用于可满足性问题的求解。由于分子信标具有易操作、高灵敏度、高特异性等特点，将分子信标作为粘贴链，分子信标粘贴链比普通粘贴链链更有优势，利用该模型求解问题的操作简单且容易观测，求得问题的解比普通的粘贴模型更准确可靠 关键词：分子信标；粘贴模型；可满足性问题 中图分类号：TP301文献标志码：A 文章编号：1672-1098（2016）02-0020-05 Abstract：In order to solve the problem of NP complete problem， by combining the advantages of molecular beacon and sticker model， a new method of molecular beacon was designed， which is used to solve the satisfiability problem. Because of the characteristics of easy operation， high sensitivity， high specificity， etc.， molecular beacon is used as a sticker chain， the molecular beacon sticker chain is more advantageous than the ordinary sticker chain. The operation of solving the problem by using the model is simple and easy to observe， and the solution is more accurate and reliable than the ordinary sticker model. Key words： molecular beacon； sticker model； satisfiability problem DNA计算是一种新型的计算模式，它在解决NP完全问题上，所表现出来的优势是传统图灵机无法比拟的。正因如此，人们对DNA计算产生了浓厚的兴趣。1994年，美国加利福尼亚大学的博士Adleman开创了DNA计算领域，利用DNA分子成功解决了有向Hamilton路问题[1]，为人们进一步研究DNA计算做好了铺垫，燃起了人们对解决NP完全问题的希望。在这之后的二十年里，DNA计算的研究取得了很大的成就。许多学者提出了不同的DNA计算模型，主要包括：粘贴DNA计算模型，插入-删除系统模型，自组装模型等，并将这些模型应用在求解NP完全问题上。对于粘贴模型，学者们利用该模型解决了不少NP完全问题，如图的最小覆盖问题、最大团问题、图的顶点着色问题[2-7]629等等。本文在前人研究粘贴模型的基础上，提出了一种新型粘贴模型，该模型不同于普通的粘贴模型，它是与分子信标相结合的一种新模型。由于分子信标具有易操作、高灵敏度、高特异性等特点，将分子信标融入粘贴模型，以分子信标作为粘贴链，这样的模型操作简单，比普通粘贴模型更易观测，结果更准确可靠。之后，本文将该模型应用于求解可满足性问题。可满足性问题是NP完全问题的经典问题之一，不少其它的NP完全问题都可以转化为可满足性问题来求解，所以可满足性问题非常具有代表性 1分子信标 分子信标是一种茎环结构的寡聚核苷酸探针，分子信标由三个部分组成：环状区、茎干区、荧光基团和猝灭基团。环状区是分子信标的基团识别区，它的碱基序列是与靶基团互补的，碱基数一般为15～30个，能与靶基团进行特异结合；茎干区是由两列互补的碱基序列构成的，碱基对一般为5～8个，它的两个末端分别连接荧光基团和猝灭基团。在没有杂交反应的情况下，分子信标呈茎环结构，荧光基团与猝灭基团距离接近，猝灭基团猝灭了荧光基团发出的荧光，检测不到荧光信号。当发生杂交反应时，分子信标的环状区会与靶基团进行特异性结合，分子信标的结构被破坏，荧光基团与猝灭基团的距离被拉大，荧光基团因不能被猝灭基团猝灭而发出荧光，从而能检测到荧光信号（见图1） 2粘贴模型 粘贴模型是由文献[2]622最早提出的，它在当前DNA计算模型中颇受学者们的关注。粘贴模型的优点在于在生物操作过程中既不需要酶的参与，也不需要DNA链的延长，并且它的材料可以循环利用。粘贴模型的重要特征在于有一个随机存取的存储区，在存取区中，存放了一系列的存取复合物。每个存取复合物都是由两