甘氨酸二肽分子酰胺-Ⅰ带光谱与结构相关性.pdfVIP

物理化学学报(WuliHuaxueXuebao) May Acta脚 ．-Chim．Sin．2016，32(5)，1289—1296 1289 A【rticle] doi：10．3866／PKU．WHXB201602291 Ⅵ，、)l，w．whxb．pku．edu．cn 甘氨酸二肽分子酰胺-I带光谱与结构相关性 蔡开聪 ， 郑 轩 1,2 刘亚男 留珊红 杜芬芬 f福建师范大学化学与化工学院，福州350007；福建省理论与计算化学重点实验室，福建厦门361005) p 摘要：系统探索了蛋白质二肽模型分子——甘氨酸二肽 (GLYD)在气相与水溶液中的结构与光谱特性。从分 子动力学轨迹中提取具有代表性结构的GLYD．DO聚集体的瞬态结构开展简正模式分析，获取了对蛋白质二 r 级结构敏感的酰胺．1带的振动光谱参数，建立起振动光谱与特征基团结构间的相关性。将溶剂作用以静电势 场的形式投影至二肽分子骨架中，与酰胺．1带在气，液相中的频率差相关联，并引入酰胺一I带简正模式随二级 f 结构变化的规律，将各个构象态可能存在的振动耦合包含在内，构建具有二级结构敏感性的静电频率转换 图，实现溶液相中多肽骨架酰胺．I带的快速准确预测。 P 关键词：甘氨酸二肽；酰胺．1带；振动光谱；静电频率图 中图分类号：O641 e l CorrelationbetweenAmide—ISpectraandStructuralFeaturesof GlycineDipeptide o CAIKai-Cong’， ZHENGXuan’， LIUYa—Nan’iLIUShan-Hong’ DU Fen—Fen’ (CollegeofChemistryandChemicalEngineering,FujianNormalUniversity,Fuzhou35000LPR．China； FujianProvincialKeyLaboratoryofTheoreticalandComputationalChemistry,Xiamen361005,FujianProvince,PR．China) g Abstract： StructuraIandspectroscopicfeaturesofamodeldipeptide，glycinedipeptide(GLYD)，were systematicallyinvestigatedjnthegasphaseandinaqueoussolution．NormaImodeanalysiswasperformed ontherepresentativeGLYD．D2Oclustersselectedfr0mmoleculardynamics(MD)trajectoryforthevibrational parametersofamide．Imode．whichiSknowntobesensitivetothesecondarystructureofproteins．Onthisbasis，