可以使用以下步骤进行Gromacs的初步模拟.PDFVIP

可以使用以下步骤进行Gromacs 的初步模拟：  产生模拟必须的 .gro 文件 .itp 文件 和 .top 文件(比如从蛋白数据库 下了一个pro.pdb 蛋白质结构文件） 输入为：pro.pdb 输出为：pro.gro topol.top posre.itp 命令为：pdb2gmx -f pro.pdb -water tip4p (-o pro.gro) -ter -ignh 括号中的可以不要，那么程序自动默认问conf.gro。-ter 是设定肽链末端的情 况 -ignh 忽略氢原子，以免命名的问题引起的混乱。  为模拟的分子建立一个盒子，说盒子的话不够形象，我感觉说空间更可以 突出意义，就是为分子周围的建立一个有限制的空间，因为我们下一步就 要在分子周围添加水分子和金属离子以模拟实际的细胞环境，没有空间限 制是无法想象的。 输入为：pro.gro 输出为：box.gro some info about the box 命令为：editconf -f pro.gro -bt cubic -d 0.5 -c -o box.gro -bt 指定了空间（box)的形状 cubic 是正方体 -d 指定空间大小，蛋白到空间界 限的距离（distance)  为分子定位和调节分子在建立的空间里的取向。目的是使得分子和与之配 合的空间更协调，这样需要的空间就可以小一些，可以降低运算量（这是 很自然的道理，你问什么收拾房间？）但是在调整分子分子前，必须先建 立一个索引文件。这个可是GROMACS 的一打特色。 输入为：box.gro 输出为：index.ndx box.gro (和输入的那个box.gro 就不一样了 ） 命令为： make_ndx -f box.gro -o index.ndx editconf -f box.gro -d 0.5 -c -o box.gro -rotate @ @ @ 注意，GROMACS 有人性化设计，每次同名文件产生后，将覆盖原来文件，不过不 用担心，原来的文件以harh mark(# #),还在原文件中。-rotate 命令后面添了 三个角度，分别表示绕X Y Z 旋转的度数。这需要将上一步生成的gro 文件转换 为 pdb 文件，在 VMD/PyMOL 中观察。有难度，需要有一点经验的。我做的时候 SENBO 直接告诉旋多少，呵呵所以省了观察。其实这一步不是必须的，只是来优 化模拟，觉得有难度可以暂时不管。但是不会用索引文件的话，可是一大损失。  好，有了装分子的空间，就可以灌水了！呵呵，不是说回复可以灌水的！！ 在处理的结尾，终端会显示加进了多少水分子，记下这个值，后面有用！！！ 输入为：box.gro topol.top 输出为：sol.gro 命令为： genbox -cp box.gro -cs tip4p -p topol.top -o sol.gro 这一步后，linux 系统提示back up，因为这一步加了水，第一步建立的拓扑文 件.top 将要改变。不过不用管，GROMACS 有人性设计！呵呵  再接着，加离子。但是必须先得用 grompp 命令将 .gro 文件 .mdp 文 件 .top 文件集合起来建立一个二进制文件.tpr。因为加离子的命令需 要.tpr 的输入。下面是加入离子的个数，一般我们要求NaCl 是0.1m/l， 就是说600 个水分子加Na+ Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用 了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生。 输入为：em.mdp topol.top 输出为：sol_ion.gro 命令为：grompp -f em.mdp -p topol.top -c sol.gro -o em.tpr genion -s em.tpr -p topol.top -o sol_ion.gro -pname NA+ -np 9 -nname CL- -nn 9 -random 这里强调一点，em.mdp 文件是进行模拟的参数文件，在模拟前就必须存在。参 数文件也是分子模拟的一个重要文件，到哪找些参考了。呵呵，你可能有经验了， SENSENBOBO 的博客。这个家伙真是太烦人了！！-np 表示正离子的个数（可能是 number of positive)-nn 就不说了。结果也会提示back up.因为我们加入离子