稀疏矩阵线性解析库SPOOLES的简单应用.doc

稀疏矩阵线性解析库SPOOLES的简单应用 ysm cleverysm@ SPOOLES的全称是SParse Object Oriented Linear Equations Solver，中文名大概就是面向对象的稀疏线性等式解析器。顾名思义，就是可以用来解稀疏矩阵为参数的线性方程组的数学函数库。所谓面向对象是指的应用了面向对象的封装思想，但实际上SPOOLES是用非面向对象的C语言来写的。 SPOOLES的主页是/linalg/spooles/spooles.2.2.html ，最新版是2.2，支持单线程，多线程和MPI三种计算模式。主页上的文档也比较齐全，对SPOOLES的使用介绍的也很清晰，仔细看看用不了很长时间就能解自己的方程组。如果说只是拿来用的话，Install.ps.gz ，ReferenceManual.ps.gz ，LinSol.ps.gz ， AllInOne.ps.gz 这四个文档就足够用了，Install.ps.gz 不用多说是安装指南，ps格式，down下来转换成pdf看就行，其他几个也一样。ReferenceManual.ps.gz 是SPOOLES的功能参考手册，AllInOne.ps.gz 是比较详细的介绍了在单线程，多线程和MPI环境下应用SPOOLES解线性方程AX=Y的步骤，包括LU和QR两种因式分解的方法。不过AllInOne.ps.gz 里的解决方法步骤比较多，调用的函数也多了一点，所以就有人作了一个LinSol的库，也就是LinSol.ps.gz 中介绍的库。我在本文中介绍的也是应用LinSol的解决方法。 Spooles的安装 首先是安装SPOOLES。从网站的down下来，解压到某文件夹下，比如我们就解压缩到/home/mpi/spooles下。编译代码之前要修改一下Make.inc文件的某些内容，Make.inc这个文件会在makefile里include进去。需要改的地方有设定编译器，比如设为CC = gcc，MPI_INSTALL_DIR为mpi安装的路径，如在我的机器上是MPI_INSTALL_DIR = /home/mpi/mpich2，mpi的库位置MPI_LIB_PATH，如MPI_LIB_PATH = -L$(MPI_INSTALL_DIR)/lib，mpi的库MPI_LIBS可以按照自己需要修改，mpi的头文件地址，MPI_INCLUDE_DIR = -I$(MPI_INSTALL_DIR)/include。然后就可以编译程序了。 如果需要使用单线程的spooles库，只需在存放spooles的根目录下，make lib，这个命令将编译所需要的代码在spooles的根目录下生成一个spooles.a的静态库。不过make lib需要使用一个perl脚本，所以机器上需要安装了perl。如果机器没有perl的话，可以使用make global。不过在我的机器上make global没有成功，而且官方的安装文档也说make global不太保险。如果需要多线程版的spooles的话，就需要到MT/src目录下，make spoolesMT.a，就可以在这个目录下生成库文件spoolesMT.a，如果想把多线程库编译到根目录的spooles.a中的话，可以用，make makeLib。但是，官方安装文档中推荐使用第一种方式。MPI版的情况与多线程的类似，存放目录是在MPI/src中。 不过，直接使用spooles的api来计算的话相对来说有点烦琐，需要调用的函数和各种参数比较繁杂一点，所以在spooles的发行版中还附带了一个封装好了的辅助库，代码放在在LinSol目录下，叫做Wrapper Objects for Spooles，或者也称作是一种spooles的bridge，我就是用的这个工具。同样的也分为单线程，多线程和MPI版，分别在LinSol目录下的srcST，srcMT和srcMPI目录下。我们只需要在LinSol目录下make lib就可以分别编译生成这三个版本对应的静态库文件，以单线程版为例，就是Bridge.a。 解方程 简单的讲，用spooles的LinSol解一个AX=B方程可分为四个基本的步骤，初始化，因式分解，解出结果，释放资源。 初始化 初始化的过程首先要构造矩阵A，B矩阵和X。系数矩阵A是按照稀疏矩阵的模式来存储的，也就是仅仅保存非零元素既可，而B和X则是稠密矩阵。 a) 构造矩阵A 矩阵A使用InpMtx对象来存储。代码如下。 InpMtx *mtxA; mtxA = InpMtx_new() ; InpMtx_init(mtxA, coordType, inputMode, 0, 0) ; 参数coordType是i