2、微生物检验技术及硬件选择.ppt

ITS rDNA区序列分析 图 基于ITS区rDNA序列的黑色组曲霉的NJ系统发育树 Fig A Neighbor Joining Tree of Aspergillus section Nigri. based on Their ITS DNA Sequences 注: 图中发育树节点只显示Bootstrap值大于50%数值, 图例为遗传距离. Note: Numbers above branches are bootstrap values. Only values above 50% are indicated. Bar, genetic distance. CMCC(F)98003与与A. niger ATCC 16888聚类在分类距离最近的一个分支上, 序列相似性达100% 。 CMCC(F)98003与黑色组的其他种序列同源性也具有很高的相似性, 序列同源性均在98.6%?100%之间。 多相鉴定实例 CMCC(F)98003 β-微管蛋白基因序列分析 图 基于β-微管蛋白基因序列的黑色组曲霉的NJ系统发育树 Fig Neighbour-joining tree based on β-tubulin sequence data of Aspergillus section Nigri 注: 图中发育树节点只显示Bootstrap 值大于50%数值, 图例为遗传距离. Note: Numbers above branches are bootstrap values. Only values above 50% are indicated. Bar, genetic distance. CMCC(F)98003与黑曲霉A. niger CBS554.65T序列同源性为100%。 CMCC(F)98003与黑色组的其他种序列同源性均在94.7%以下。 多相鉴定实例 CMCC(F)98003 结合形态学、碳源利用情况和ITS rDNA序列系统发育分析等多相鉴定的结果, 将CMCC(F)98003鉴定为黑曲霉（Aspergillus niger ）。 多相鉴定实例 CMCC(F)98003 微生物菌种鉴定新技术及设备 微生物快速鉴定技术 MLSA PCR-SSCP PCR-DGGE PFGE FT-IR REAL-TIME PCR LAMP 菌株快速鉴定系统 BIOLOG Automatic Identification System VITEK VIDAS DiversiLab? Riboprinter ? ABI-(MicroSeq) MLSA (Multilocus Sequences Analysis) MLST技术通过测序技术揭示看家基因的等位基因突变来对菌株进行分型和鉴定。 看家基因(housekeeping gene)几乎都存在保守性，但不同的种或菌株间又存在差异即变异性。 关键点:菌种的选择、基因位点的选择、特异引物的设计。 PCR-SSCP PCR-SSCP(Polymerase chain reaction single strand conformation polymorphism)是聚合酶链式反应与单链DNA 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术相结合的一种用于检测基因突变的方法。 利用不同构象单链DNA 在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中泳动速率的差异, 能快速有效地检测出DNA短片段中存在的单核苷酸突变。 PCR-SSCP已广泛应用于各种基因多态性的研究。 PCR-DGGE 变性梯度凝胶电泳（DGGE） 是根据DNA片段的熔解性质而使之分离的凝胶系统，在碱基序列存在差异的DNA双链解链时需要不同的变性剂浓度，一旦解链，在聚丙烯酰胺凝胶中的电泳行为将发生很大的变化。 将PCR得到的等长DNA片段在含有变性剂梯度的凝胶中进行电泳，序列不同的DNA片段就会在各自相应的变性剂浓度下变性，发生空间构型的变化，染色后在凝胶上呈现为分开的条带，每个条带代表一个特定序列的DNA片段。 PCR-DGGE PFGE PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis)脉冲场凝胶电泳应用于分离纯化大小在10-2000kb之间的DNA片段。 电泳在两个不同方向的电场周期性交替进行，DNA分子在交替变换方向的电场中作出反应所需的时间依赖于分子大小，DNA越大，构象改变需要时间越长，在凝胶移动中越慢。 大小不同的DNA片段被分离。 FT-IR 应用傅里叶变换红外光谱方法（FT-IR）结合多变量统计分析的手段，可以实现对菌种进行分类和鉴别。 核酸、蛋白质、脂质、碳水化合物等细胞大分子物质的结构和组成信息可以反映在红外光谱图上。 细菌细胞的生化物质的某些功能