引物设计软件oligo应用简介.pdf

引物设计软件 oligo 应用简介 在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者 容易被其复杂的图表吓倒。 Oligo 5.0 的初始界面是两个图：Tm 图和 ΔG 图；Oligo 6.0 的界面更复杂，出现三个图， 加了个 Frq图。 “Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以 至于能风靡全世界。 oligo 的下载和安装我就不多说了，打开 oligo 相信也无需多讲。打开 oligo的页面如下： 单击 file菜单再点 open 或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的 窗口 在打开的 OPEN 窗口内选择 FreqSeq 再点“打开” 选择 drosfr 或者其它一个文件点击“打开” 出现以下窗口，点击 “window”再点击“Tile” 出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG 和 Frq，其中 Frq 是 6.0版本的新功能， 为邻近 6至 7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。 该频率高则可增加错误引发的可能性。 因为分析要涉及多个指标，起动窗口的 cascade 排列方式不太方便，可从 windows 菜单改为 tile 方式。 如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如 Frq，这样界面的结构同于 Oligo 5.0，只是显示更 清楚了。 ∆G 值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的∆G 值在 5’端和中间值比较高，而在 3’端 相对低（如图：） Tm 值曲线以选取 72℃附近为佳，5’到 3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq 曲 线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时， 宜选用 3’端 Frq 值相对较低的片段 再点击 Search 再点 “For Primers and probes”或使用快捷键 F3 出现以下窗口，点 OK就 OK 了。当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。 出现 Search Status窗口，点“OK” 出现Primer pairs 窗口， ＃代表引物对的编号， 依次为引物对所处的位置、 产物的长度、最适合的退火温度 和 GC 的百分含量 点击任一行出现“PCR”窗口，告知你扩增片断的位置，最合适的退火温度等等 信息。 关掉“PCR窗口”和“primer Pairs 窗口”回到原来的窗口你就能看到你引物 的序列和位置，图中手型鼠标所指即为引物序列。 至此引物设计已经完成，你可以用“Analyse”菜单分析你的引物：有无引物二 聚体、发卡结构等等。 当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。 首先检查