米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建和对接.pdfVIP

Research Paper 研究报告 微生物学报 A cta M icrobiolog ica Sinica 5 1 (7 ):948 － 955 ;4 July 20 11 ISSN 000 1 － 6209 ;CN 11 － 1995 / Q http :/ / journals． im ． ac ． cn / actamicrocn 米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建与对接 1 1 1 2 * ， ， ， 陈宏文 苟元波 张卡 方柏山 1 ， 36 102 1 华侨大学化工学院生物工程与技术系 厦门 2 ， 36 1005 厦门大学化学化工学院 厦门 :【 】 。【 】 摘要 目的 研究米曲霉木糖醇脱氢酶基因的结构与功能 方法 克隆测序来源于米曲霉的木糖醇脱氢酶 (XDH) ， Swiss-MODEL Modeller XDH ， PROCHECK Prosa2003 基因 利用 和 对 进行三级结构模建 通过 和 对得 4 ， 。 ， Molsoft 到的 个目标模型进行评价 从中得到一个最佳模型 在同源建模的基础上 通过分子对接软件 ICM-Pro ， ， XDH NAD + 、Zn2 + 。 XDH 对辅因子进行对接 预测了 与 作用的相关残基 寻找底物木糖醇与 结合的 ， Molsoft XDH ， 。【 】 可能活性口袋 用 模拟 与木糖醇的对接 预测了酶与底物作用的关键氨基酸残基 结果 结构 ， XDH Rossmann ， 分析显示 米曲霉 含有醇脱氢酶家族锌指纹结构和典型醇脱氢酶 折叠的辅酶结合域 属于 Medium-chain (MDR) 。 ， XDH NAD + Asp206 、 脱氢酶 家族 通过对接研究 预测了 与 之间形成氢键的氨基酸有 Arg2 11 、Ser255 、Ser30 1 Arg303 ， ， Zn2 + His72 Glu73 ， 和 这些氨基酸位于结合域 与 形成氢键的氨基酸有 和 位于 ， Ile46 、Ile349 、Lys350 Thr35 1 ， 。【 】 催化域 与天然底物木糖醇形成氢键的氨基酸有