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EMBOSS工具包介绍 徐昊 fry9527@ Cons • 根据多序列比对文件生成consensus • 每列的碱基分别进行计算，然后和参数比 较进行确定 参数 plurality qualifier 设置多少确认的碱基 Identity 设置多少同样的碱基存在才有consensus Setcase 确认的碱基超过多少为大写其他情况为小写 Merger • 合并两条有overlap的核酸序列 • 两条序列碱基不同时候的 • 一条为N则选择另外一条 • 根据窗口（5，10，20 ）内的总分来选择 • (ACGTU) 2分 • (MRWSYKVHDB) 1分 • 如果分数一样则选择第一条序列 diffseq • 寻找两个相似序列之间的差别，包括相似 区域，碱基差别等信息 • 输出文件有3个，一个是总体信息，其余2 个是两条序列分别的比对信息 • 参数 wordsize 比对时候的字长 forcereporting 显示比对上区域的每个不同 dotmatcher • 图示的方法比较两条序列的相似性 • 特点是比较直观 est2genome • Est或者mRNA序列和基因组序列进行比 对，允许中间intron的存在 • 比对数据embl:h45989 embl:z69719 • 参数 Gap，match，mismatch，intron等的得分和罚分设置 needle cirdna • 绘画dna环状结构图 • 文件格式 Start 1001 （首先在文件第一第二行写出起始结束位置） End 4270 Group （每一个Group表示一个环，从外向内） Label （每个标志行的起始） Block 1011 1362 5 （BLOCK类型，图上显示一个块，后面表示起始位、结束位和颜色） ex1 （块的名字） endlabel （每个标志行的结束） label Tick 1610 8 （TICK 类型,在最外面一个圈显示名字） EcoR1 Endlabel label Range 2541 2812 [ ] 5 （RANGE类型，图上显示弧线，后面跟起始位置、结束位置、起始 标志、结束标志、颜色） Alu endlabel endgroup （GROUP结束标志） pepnet • 螺旋状的显示蛋白质序列 • 显示图例 ILVM 正方形 DENQST 钻型 HKR 八角形 pepwheel • 根据不同的螺旋设置显示蛋白 Prettyseq • 根据密码子表将核酸转换成蛋白质 Remap • 显示序列的限制性酶切位点 • 可以通过设置酶的名称来显示位点 • 常用参数 -sitelen 设置最短的酶切长度 -mincut 设置最少的酶切次数 -maxcut 设置最多的酶切次数 -blunt 设置是否允许同一个点多个酶切 Showalign • 显示多序列比对结果 • 显示设置参数 Showfeat • 通过各种显示方法来显示序列的特征 • embl:x65921 Sixpack • 六种相位显示翻译的核酸序列 • 显示两个终止密码子间的ORF