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Ingenuity Pathway Analysis
打分计算方法介绍
上海康昱盛信息科技有限公司
沈诚频
2014/6/18
Sample Assay Technologies IPA中的几种打分算法
IPA 在core analysis中计算如下打分指标:
Consistency
分析类型 P-value (FET)* Z-score
Score
Functions Analysis
Downstream Effects
Analysis
Canonical Pathway
Analysis
Upstream
Regulators Analysis
Network Analysis
Regulator Effects
*在分析工具中,p-values 和z-scores 都会有不同的计算值
2
Sample Assay Technologies IPA 计算两类统计数值
P-value 和 Z-score
P-value:
– 基于 Right-Tailed Fisher’s Exact Test 算法
– 体现您实验中一组有意义的分子和已知的过程/通路/转录之间的关
联是否来自于随机匹配
– p-value不考虑分子作用于另一个分子的效应或也不考虑数据集中
分子的变化倍数。
Z-score:
– 应用于某些分析类型并提供上游或下游过程的预测结果
– 考虑一个分子作用于另一个分子的方向效应或数据集中分子变化倍
数对生物学过程产生的效应
3
Sample Assay Technologies 以功能“Neoplasia”为例的P-Value计算过程
芯片数据包含 260
13,101个基因
过滤出表 映射到neoplasia
达量有变 实验样本 260/747= 0.348
化的所有 IPA
基因
747 个显著差异
表达的基因 487
芯片上所有基因、实验显著差异
基因分别与neoplasia数据集的比
3005 个基因映射到 值是否具有统计差异?
neoplasia 没有映射到 neoplasia
3005/13,101= 0.231
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