第6讲序列分析实例.doc

PAGE PAGE 39 对一条新的基因序列进行生物信息学的分析 前言 对从真菌Ａ．tabescens中克隆出一个基因的全长cDNA进行生物信息的分析，预测这个未知cDNA的功能． 目前因特网上有许多生物学信息库，采用不同的算法，对生物学数据进行从序列水平到结构层次，进而到功能的多种分析。本章的分析主要利用这些数据库和相关软件完成。 材料和仪器 （1）生物技术实验室从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098克隆出一个全长cDNA（命名为man） （2）可以连接国际互联网的计算机 核酸序列的基本分析 运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本）软件对man做酶切谱分析。 碱基同源性分析 运用NCBI信息库的BLAST程序对man进行碱基同源性分析(Translated query tien database(blastx)) 网站如下： HYPERLINK /BLAST/ /BLAST/ 参数选择：Translated query-protein database [blastx]； nr;stander1 开放性阅读框（ORF）分析 利用NCBI的ORF Finder程序对man做开放性阅读框分析，网址如下： HYPERLINK /projects/gorf/orfig.cgi /projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析 运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对manORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。[12] 网址如下： HYPERLINK http://smart.embl-heidelberg.de/ http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析 参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSMs Expect：0.01 Filter：Low complexity Search mode：multiple hits 1－pass 同源物种分析 用DNAMAN软件将蛋白质序列与GHF5的?-甘露聚糖酶序列和GHF6的?-甘露聚糖酶序列序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。 蛋白质一级序列的基本分析 运用BioEdit（版本）软件对man ORF翻译的蛋白的一些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。 二级结构和功能分析 信号肽预测 利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。 网址如下： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 参数选择： Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard； 疏水性分析 利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics， SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序[13]对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析 网址如下： HYPERLINK /cgi-bin/protscale.pl /cgi-bin/protscale.pl 参数选择： 蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 的分析 利用美国哥伦比亚大学（Columbia University）的PredictProtein服务器（PHD）[14]对ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式获得蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 分析的结果。 网址如下： HYPERLINK /pp/submit_def.html /pp/submit_def.html 磷酸化位点分析 磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序[15] 做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测， 网址如下： HYPERLINK http: