分子动力学模拟方法.pptVIP

分子动力学方法基础： 分子动力学方法特征： 分子动力学是在原子、分子水平上求解多体问题的重要的计算机模拟方法，可以预测纳米尺度上的材料动力学特性。 通过求解所有粒子的运动方程，分子动力学方法可以用于模拟与原子运动路径相关的基本过程。 在分子动力学中，粒子的运动行为是通过经典的Newton运动方程所描述。 分子动力学方法是确定性方法，一旦初始构型和速度确定了，分子随时间所产生的运动轨迹也就确定了。 分子动力学的算法：有限差分方法 优点： 1、精确，误差O(Δ4) 2、每次积分只计算一次力 3、时间可逆 缺点： 1、速度有较大误差O(Δ2) 2、轨迹与速度无关，无法与热浴耦联 优点： 1、提高精确度 2、轨迹与速度有关，可与热浴耦联 缺点： 1、速度近似 2、比Verlet算子多花时间 Verlet三种形式算法的比较： 微正则系综分子动力学(NVE MD) 正则系综分子动力学(NVT MD) Potential Energy = Stretching Energy + Bending Energy + Torsion Energy + Non-Bonded Interaction Energy 这些