附录及核苷酸及蛋白质序列相关的特征关键词表.PDFVIP

/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江 附录： 与核苷酸和蛋白质序列相关的特征关键词表 表 1 与核苷酸序列相关的特征关键词表 关键词 说明 allele 相关的个体或菌株含有相同基因的稳定的其它形式,该形式区别于这一位置的 现有的序列(和或许其它序列) attenuator 存在调节转录的终止的 DNA 区域,它控制了一些细菌操纵子的表达; (2)位于启 动子和第一个结构基因之间，引起转录的部分终止的序列区段 C_region 免疫球蛋白轻和重链的恒定区,和 T-细胞受体 α,β,和 γ链；根据特定的链可 包括一个或多个外显子 CAAT_signal CAAT 盒;位于可能参与 RNA 聚合酶结合的真核生物转录单位的起始点的 75bp 上 游的保守序列的一部分；共有序列＝GG(C 或 T)CAATCT CDS 编码序列;对应于蛋白质中的氨基酸序列的核苷酸的序列(位置包括终止密码 子);特征包括氨基酸概念上的翻译 Conflict 在这一位点或区域,单独确定的“相同”序列有所不同 D-loop 置换环；线粒体 DNA 内的一个区域,其中 RNA 的短的序列与 DNA 的一条链配对, 代替了这一区域的原始配对 DNA 链;也用于说明在 RecA 蛋白质催化的反应中， 侵入的单链替代双链 DNA 的一条链的区域 D-segment 免疫球蛋白重链的多变区,和 T-细胞受体的 β链 Enhancer 顺式-作用序列,它增强了(一些)真核生物启动子的作用,并能在任一方向和与 启动子相关的任何位置处 (上游或下游)起作用 Exon 编码剪接 mRNA 部分的基因组区域;可以含有 5UTR,所有 CDS,和 3UTR GC_signal GC 盒;位于真核生物转录单位起始点上游的保守的富含GC 区域,可以以多重拷贝 或任一方向存在;共有序列=GGGCGG gene 鉴定为基因的生物学意义的区域,并已经指定名称 iDNA 间插DNA;通过几种重组中的任何一种能被消除的 DNA intron 被转录的 DNA 区段,但通过同时剪接位于其两侧的序列 (外显子)即可从转录本内 部将其除去 207 /cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江 J_segment 免疫球蛋白轻链和重链的连接区段,和 T-细胞受体 α,β 和 γ 链 LTR 长的末端重复,在确定序列的两端直接重复的序列, 类型典型地见于逆转录病毒 中 mat_peptide 成熟的肽或蛋 白质的编码序列 ;翻译后修饰之后成熟的或最终的肽或蛋白质产 物的编码序列;位置不包括终止密码子(与相应的 CDS 不同) misc_binding 不能用任何其它 Binding 关键词(primer_bind 或 protein_bind)表述的与另一 个组成成分共价或非-共价结合的核酸中的位点 misc_ 特征序列与 记载中存在 的有所不同,并且不能用任何其它 不同关键词 (conflict, unsure, old_sequence, mutation, variation, allele 或 difference modified_base)表述 misc_feature 不能用任何其它的特征关键词表述的具有生物学意义的区域;新的或少见的特 征 misc_recomb