基于Web的生物通路图可视化与编辑工具的设计.pdfVIP

a叶技2015年第28卷第10期 图 像 ·编 码 与 软 件 ElectronicSci． Tech．／Oct．15．2015 doi：10．1618o／j．cnki．issnl007—7820．2015．10．022 基于 Web的生物通路图可视化与编辑工具的设计 竺涌楠，方景龙 (杭州电子科技大学 计算机学院，浙江 杭州 310012) 摘 要 生物通路图是生物通路的一种可视化形式。当前许多生物通路数据库均提供生物通路 图分析工具。但缺 少一个在线可视化与编辑软件。针对这一不足，文中开发 了一种基于HTML5的生物通路图可视化与编辑软件，介绍 了开发本系统所用的关键技术及设计。该系统方便了生物研究者浏览，编辑生物通路信息，并帮助生物学家理解生物 学过程，探索生物通路之间的关系。 关键词 HTML5；生物通路；可视化 中图分类号 TP311．56 文献标识码 A 文章编号 1007—7820(2015)10—083—03 DesignandImplementationofaWeb-basedVisualization andEditingToolforBiologicalPathways ZHUYongnan，FANGJinglong (SchoolofComputerScience，HangzhouDianziUniversity，Hangzhou310012，China) Abstract Thebiologicalpathwaygraphisavisual representationofpathways．Althoughtherearemanybiologi- caldatabaseswhichprovidevisual analysistoolsforpathways，aweb—basedtoolofrvisualizingandeditingbiological pathwayisyetavailable．Thispaperdevelopsaweb-basedvisualizationandeditingtoolforbiologicalpathwaysnadin— troducesitskeydesigntechnologiesnadsystemstructure．11hissystem isdevelopedtoassistresearchersbrowsingand retrievinginformation，tohelpthem understandbiological processesandexploretherelationshipamongthepathways． Keywords HTMI_5；biologicalpathways；visualization 生物通路图是一系列化合物和反应所组成的复杂 率低 ，缺少数据分析的交互的方式，编辑困难等。特别 网络的一种可视化表示形式 。因此，一条生物通路 是当一条通路中发现新的信息时，更新生物通路图很 可表示成节点和边的集合，节点可用来表示参与化学反 费时间。 应的反应物和产物，例如：蛋白质，小分子化合物，DNA， 针对这些问题，本文设计并实现了一个基于HTMI5 RNA等；Et可表示各种相互作用关系，例如：反应和规 的生物通路图交互式可视化与编辑网站平台，用户只 则L3]。生物通路图以直观网络图谱的方式来显示相关 需登录即可编辑、浏览和改进生物通路图，用户并不需 的生物学信息，便于生物学家认清各种生物反应的网络 要安装相关插件。 图谱。了解生物通路