多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中应用研究_郑小玲.pdfVIP

·46· 药物分析杂志 Chin J Pharm Anal 2016,36(1) 多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用研究 郑小玲 王知坚 李珏 王征南 洪利娅 ， ， ， ， （浙江省食品药品检验研究院，杭州310004 ） 摘要　目的：探索多种测序技术在药品检测环境微生物鉴定分析中的应用。方法：从药品微生物实验室 环境中连续7 个月采样收集获得248 株细菌和6 株霉菌，并对收集的细菌采用全自动微生物生化鉴定 仪（Vitek 2 Compact ）进行鉴定。根据生化鉴定结果选择在种属分类学上具有代表性的20 种细菌（共28 株）和6 株霉菌分别采用一代测序技术（ABI 3500 测序平台）和宏基因组测序技术（Hiseq 2000 测序平台 和Ion torrent 测序平台）进行鉴定分析，相互验证菌株鉴定方法的准确性。结果：28 株细菌的16S rDNA 一 代测序鉴定与生化鉴定相比，属水平分类一致的有23 株，种水平分类一致的有10 株。采用Hiseq 2000 对 28 株细菌混合进行全基因组测序鉴定获得78 种菌株信息，与16S rDNA 一代测序相比，种水平一致的有15 株，属水平一致的有2 株，缺失了3 株菌的信息，多出了61 株菌的信息；霉菌全基因组测序获得3 株菌信 息，与霉菌LSU rDNA 的一代测序结果相比，缺失了3 株菌的信息。采用Ion torrent 对28 株菌混合进行16S rDNA 宏基因组测序鉴定，获得信息包含7 科、10 属和13 种，与16S rDNA 一代测序结果对应的有11 种，且 10 种属覆盖了一代测序中的28 株菌；霉菌ITS2 宏基因组测序结果包含4 属和3 种，4 属覆盖了霉菌一代 测序结果中的6 株菌，但种水平只有烟曲霉和一代测序结果一致。结论：新一代宏基因组测序技术及分析 方法需要进一步改进与完善，才能对环境微生物混合菌株进行快速准确鉴定从而开展建库溯源工作。 关键词：药品检测环境；一代测序；宏基因组测序；微生物试验环境；生化鉴定；高通量测序 中图分类号：R 917　　　文献标识码：A　　　文章编号：0254-1793 （2016 ）01-0046-07 doi ：10.16155/j.0254-1793.2016.01.07 Application of a variety of sequencing technology in the identification of environmental microorganisms ZHENG Xiao-ling ，WANG Zhi-jian ，LI Jue ，WANG Zheng-nan ，HONG Li-ya （Zhejiang Institute for Food and Drug Control ，Hangzhou 310004 ，China ） Abstract　Objective: To explore the application of a variety of sequencing technology in the identification of environmental microorganisms in medicines. Methods: Totally 248 strains of bacteria and 6 strains of fungi ’ were collected from the author s pharmaceutical microbiology laboratory during consecutive 7 months ，and these microorganisms were identified by biochemical identification instrument of Vitek 2 Compact．The representative 20 kinds of bacteria （28 strains ）and 6 strains of fung