结构生物信息学2-基础知识.pptVIP

* * * * 多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部的空间结构（构象），主要有α－螺旋、β－折迭、转角等 参与组成肽键的6个原子位于同一平面，又叫酰胺平面或肽键平面。它是蛋白质构象的基本结构单位。 * * （i）?螺旋 （ii）?折叠 – 平行折叠 反平行折叠 （iii）?转角 – 连接作用”U”型结构（大多Phe苯丙氨酸, Gly甘氨酸组成） （iv）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍是紧密有序的稳定结构 （v）无序结构 * * * 第二个氨基酸残基常为Pro脯氨酸。 * * * 蛋白质三级结构的基本结构单位是结构域。一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由 几个结构域组成 * 蛋白质三级结构的基本结构单位是结构域。一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由 几个结构域组成 * 蛋白质的三级结构具有明显的折叠层次 大多数非极性侧链埋在分子内部，形成疏水核；而极性侧链在分子表面，形成亲水面。 * 亚基之间的结合力主要是疏水相互作用 * 生物信息学的由来 * 生物信息学的由来 * 生物信息学的由来 * RCSB (美国)结构生物信息学合作研究组织 * RCSB (美国)结构生物信息学合作研究组织 * RCSB (美国)结构生物信息学合作研究组织 * 通过实例说明,pdb文件和结构图 * RCSB (美国)结构生物信息学合作研究组织 SCOP数据库是对已知的蛋白质三维结构进行手工分类得到的数据库，目的在于对已经确定了三维结构的蛋白质的关系进行全面而详细的描述。它从不同层次对蛋白质结构进行分类，以反映它们结构在进化上的相关性。可以把蛋白质分成许多层次，但通常将它们分成家族，超家族和折叠类型， * 不同层次之间的界限并不十分严格，通常层次越高，越能清晰地反映结构的相似性。SCOP数据库中，分类的基本的单位是结构域（Domain）。结构域被定义为自然观察到的处于孤立状态的进化单位，或者在多结构域蛋白质的上下文中多次出现的进化单位。结构域按照层次分为家族、超家族、折叠类和类型 * 与SCOP不同的是，CATH把蛋白质分为4类，即a主类、b主类，a-b类（a/b型和a+b型）和低二级结构类。低二级结构类是指二级结构成分含量很低的蛋白质分子。CATH数据库的第二个分类依据为由α螺旋和β折叠形成的超二级结构排列方式，而不考虑它们之间的连接关系。形象地说来，就是蛋白质分子的构架，如同建筑物的立柱、横梁等主要部件，这一层次的分类主要依靠人工方法。第三个层次为拓扑结构，即二级结构的形状和二级结构间的联系。第四个层次为结构的同源性，它是先通过序列比较然后再用结构比较来确定的。CATH数据库的最后一个层次为序列(Sequence)层次，在这一层次上，只要结构域中的序列同源性大于35%，就被认为具有高度的结构和功能的相似性。对于较大的结构域，则至少要有60%与小的结构域相同。 * 9种 * * * * 这附图图是一个机器学习系统的基本结构。环境向系统的学习部分提供信息，即训练数据；学习部分利用这些信息更新知识库，以增强系统执行部分完成任务的能力和准确性；执行部分根据知识库中的知识或规则，解决具体问题，同时把执行结果信息反馈给学习部分，通过校正，进一步提高系统的性能。影响学习系统设计的最重要因素是环境向系统提供的信息的质量。 * 数据仓库是从多个内容相关的、物理和逻辑上都相互独立的数据源中提取面向主题的数据集合，通过 Internet将这些数据复制到一个数据存储中心，进行重新组织与集成，从而将一个海量的数据库展现在用户面前。数据仓库为特定的应用提供服务，提供统一的用户接口，用户可以借助于数据仓库直接完成对多种数据的查询、分析和决策。 虚拟数据库可以对不同数据源中的数据进行联合查询，提供对数据分散问题的求解。虚拟数据库技术具有收集、组织和集成来自不同数据源中的数据并以统一的关系数据库系统的形式提供给应用程序的能力，但是虚拟数据库中数据的物理存贮是分散在Internet的不同站点。从数据库的角度看，虚拟数据库提供了多数据源的一个统一的平台。 * 数据仓库是从多个内容相关的、物理和逻辑上都相互独立的数据源中提取面向主题的数据集合，通过 Internet将这些数据复制到一个数据存储中心，进行重新组织与集成，从而将一个海量的数据库展现在用户面前。数据仓库为特定的应用提供服务，提供统一的用户接口，用户可以借助于数据仓库直接完成对多种数据的查询、分析和决策。 虚拟数据库可以对不同数据源中的数据进行联合查询，提供对数据分散问题的求解。虚拟数据库技术具有收集、组织和集成来自不同数据源中的数据并以统一的关系数据库系统的形式提供给应用程序的能力，但是虚拟数据库中数据的物理存贮是分散在Internet的不