一种改进基于篇点拓扑排序基因调控网络构建方法.pdfVIP

一种改进的基于节点拓扑排序的基因调控网络构建 方法 王敏，饶妮妮，张娅，郭建秀 电子科技大学生命科学与技术学院，成都 (610054 ） E-mail ：wangminoflife@ 摘 要：现有构建基因调控网络的贝叶斯网络结构学习方法在推断节点顺序时，没有考虑不 同子图中包含相同节点对之间边的方向的确定，而这是基因调控网络中普遍存在的现象。针 对这个不足，本文利用鉴别信息来确定不同子图中包含相同节点对之间边的方向，建立了一 种新的从未知先验信息的数据中确定节点顺序的有效算法，并将它与K2 算法结合，形成了 一种改进的结构学习方法。该方法弥补了贝叶斯网络结构学习需要节点顺序的不足，适用于 基因调控网络的构建。采用两组已知结构的基准数据对该方法进行评估，结果表明它推断出 的网络结构非常逼近最优的结构，在预测结构上与现有同类方法可比拟，并且在计算时间和 预测结构的准确性方面都大大优于爬山搜索算法。应用于酵母基因周期表达数据的基因网络