基于RefSeq数据库的人类标准转录数据集的构建.pdfVIP

遗传 HEREDITAS( 日e;j;ng) 28(3) ,329-333 ,2006 主丸木.tijj方端 基于 RefSeq 数据库的人类标准转录数据集的构建 学稚锋1·2 ，李玉鉴3 ，赵东升飞杭兴:i1 ，主正志2 ，骆志刚5 ，张成岗 1 (1 平事医学科学院放射，j 制射医于研究所.Jt 京 100日创5 2 罔防科技大学机电_L1\l与自动化学院.长附 41 ∞73 ， 3 ， Jn;n业大学计挥机予院，北京 10ω22 ， 4 军事i延学科学院卫生拗好叮医学悄砸研到所.北京 1 ∞850 ， 5 国防科技Á，:井行 td 仕布址理国防科技重点实验烹-tt扣 41 ∞73) 摘 要:美闵E离家l物俗息技术小心(NCBI)提供了具有生物应义上的非:n:余的基因和蛋白顶序列的 RefSeq 参革 序列数据库σ 然而，由于蒸Iti普战存在的多iiit 以及不同实验:i对于序列测定的服撩拨制存在蒙界将原网噜巳发 现 RefSeq 数据陈1íJ能存在部分质盘问题p 文章基于中心法则提山标准转教数据集的概念咽以人类稳附和基 因1日序列为例.利用日LAT、 Sim4 和自行设计的 Elparser ，事慕的结构解析程序分析了 RefS叫人类慕IN 转录数据 (2005-4-18) 与日前所公布的人类标准基闪组(2005牛20) 的对应炎系。对于有实验ùt抵支持的中也ìc 为 NM 和 NR 的记录，多种程序分析结枭表明，;)t与标樵战时纫完全相对成的记翠为 9771 个，符合多个夜序修订标准的记录有 10943 个;而与际?在基凶领有较大差异的1己最为 203 个，多种稳序分相结果不一致的i己放为 2676 个，战~研究人 员在使用此非标准转录组数据时，必须考虑刽其存在非标准转录的原因甚至行在销误的可能性。此文为基于标 准、高质去过转活数据集的生物信息学数据分析、分子生物学实骏设计、3在凶多样性和遗传:10千分听等提供了整耍的 参寿标准η 相关锁果口j 通过 http ，! !biocompute , bm i. ac ,cn/lranscriplome/index , hlm 防问@ 关键诩:RefSeq 数据库$转录姐:质懂饺制，人类标版转录数据集 立常编4号， 0253 … 9772(2006)03 … 0329 … 05 文献栋i只码 :A 申囱分3挂号 :Q754 Construction of Standard Human Transcript Dataset Based on RefSeq and Human Genome Sequence Database LI Zhi-Feng 1.2 , LI Yu-Jiar户， ZHAO Dong-Sheng , HANG Xing-Yi , 1 WANG Zheng之hi , LUO Zhi-Gan矿，ZHANG Cheng-Gang (1 日叫ing Institute of 月时时的n Med;c;，袍 ， Be;j仰 100旧囚， Chlna ,2 口创10肘。f 抽G阳fronics Engineering αnd Au阳nation ， 阳tional University. of Defense Tec阳ology ， C阳ngsOO 410073. Chlna , 3, Col/ege olCom阳Jter $c 朋朋 T.，