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第三节 序列多重比对 1、SP（Sum-of-Pairs）模型 2、多重比对的动态规划算法 3、 优化计算方法 4、星形比对 星形比对的基本思想是：在给定的若干序列中，选择一个核心序列，通过该序列与其它序列的两两比对形成所有序列的多重比对?，从而使得?在核心序列和任何一个其它序列方向的投影是最优的两两比对。 利用标准的动态规划方法求出所有si和sc的最优两两比对 时间为O（kn2） 将这些两两比对聚集起来 并采用“只要是空白， 则永远是空白”的原则。 sc s1 s2 … sk 如何选择核心序列？ 尝试将每一个序列分别作为核心序列，进行星形多重序列比对，取比对结果最好的一个。 另一种方法是计算所有的两两比对，取下式值最大的一个： ? sim( si, sc ) 例如，有5个序列： s1 = ATTGCCATT s2 = ATGGCCATT s3 = ATCCAATTTT s4 = ATCTTCTT s5 = ACTGACC 5、树形比对 6、其它多重序列比对算法 一般渐进式比对方法所采用的过程： （1）先将多个序列进行两两比对，基于这些比较，计算得到一个距离矩阵，该矩阵反映每对序列的关系； （2） 利用距离矩阵，建立一棵“相关树”