第2篇原核微生物物种多样性的研究方法.PDFVIP

第2 章 原核微生物物种多样性的研究方法 原核微生物是一类无真正细胞核的微生物 Balows 等 1992 它包括除真菌以外的大多数 微生物 如细菌 bacteria 放线菌 actinomyces 蓝细菌 cyanobacteria 古细菌 archaeobacteria 等 根据世界自然保护联盟 IUCN 提出的定义,原核微生物的生物多样性包括所有原核微生 物的生命形式 生态系统和生态过程以及有关在遗传 分类和生态系统水平上的知识概念 原核微生物是具有很高利用价值的生物资源 我们认识原核微生物的多样性 一方面要了 解它们在自然环境中的作用 另一方面还要了解它们如何在于变万化的环境中 有时甚至是极 端恶劣的环境中起作用 这些都是与人类的生存活动息息相关的 本章将介绍研究原核微生物多样性时所使用的方法 包括命名 数值分类 化学分类 分 子分类以及分离培养等 当然 由于我们对原核微生物多样性的了解还很不够 因此 这些研 究方法将不断地得到完善 新的研究方法也将会不断出现 2 1 原核微生物的多样性和系统分类 原核微生物系统分类 Prokaryotic microbe systematics 是科学地研究微生物多样性及它们 之间相互关系的基础学科 2 1 1 原核微生物多样性的范围 迄今人们对世界生物多样性家底的了解是不完全的 表 2 1 尤其对病毒 细菌及无脊 椎动物等的了解更是欠缺 目前对原核微生物多样性的估计在很大程度上反映了它们与高等生 物的依赖关系 因此 在生态系统里原核微生物的实际多样性还要大得多 从宏观生态学概念 上讲 原核微生物多样性与微生物的基因库的保持有关 而已有的研究证明 在基因水平上 原核微生物的多样性远比高等生物的多样性丰富 2 1 2 原核微生物系统分类的重要性 自微生物学出现以来 历代微生物学家都不断地进行着微生物的形态和功能性状多样性的 研究 为了研究和开发其功能性状的方便 往往将它们归类进行认识 这种按照类群去研究和 认识微生物的过程也就奠定了原核微生物系统分类的基础 原核微生物系统分类包括微生物的 分类 classification 命名 nomenclature 和鉴定 identification 分类是根据微生物物种的特征将其划分为不同的等级类群或分类单位 分类是微生物学科 发展及生物多样性研究的基础 本章作者 刘志恒 表2 1 生物种的已知种数和估计总种数 生物类群 已知种数 估计总种数 已知种百分数 病毒 5 000 130 000 4 细菌 4 760 40 000 12 真菌 72 000 1 500 000 5 藻类 40 000 60 000 67 苔藓植物 17 000 25 000 68 裸子植物 750 被子植物 250 000 270 000 93 原生动物 30 800 100 000 31 海绵动物 5 000 腔肠动物 9 000 线虫动物 15 000 500 000 3 甲壳动物 38 0