虾夷扇贝基因组结构特征与进化基因组学分析毕业论文.doc

分类号 密级 UDC 研 究 生 学 位 论 文 虾夷扇贝基因组结构特征 与进化基因组学分析 研究生姓名 指导教师姓名 申请学位级别 博 士 专业名称 遗 传 学 论文答辩日期 中 国 海 洋 大 学 独 创 声 明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含未获得 （注：如没有其他需要特别声明的，本栏可空）或其他教育机构的学位或证书使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。 学位论文作者签名： 签字日期： 年 月 日 --------------------------------------------------------------------- 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权学校可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。（保密的学位论文在解密后适用本授权书） 学位论文作者签名： 导师签字： 签字日期： 年 月 日 签字日期： 年 月 日 学位论文作者毕业后去向： 工作单位： 电话： 通讯地址： 邮编：  虾夷扇贝基因组结构特征 摘 要 扇贝有大约400个现存种，是双壳贝类中重要的一支，广泛分布于世界的各大洋中，并且具有重要的经济价值。然而一直以来，许多扇贝种类的系统发生关系都存在分歧。传统的系统发生研究主要依赖于化石记录和形态学特征。随着分子生物学及其技术的发展，通过揭示分子水平的变异来研究系统发生时产生了分子系统发生分析，但以往所运用的有限基因包含的信息往往不完整且相互矛盾。新一代高通量测序技术的出现为这种现状带来了转机，因为这些技术可以应用于任何模式及非模式生物，将会极大促进扇贝的遗传学和基因组学研究，为重建物种间进化关系的研究提供海量的分子性状。这里，我们2b-RAD技术，结合高通量测序和II B型限制性内切酶的特点，将获得的大量全基因组范围分布的标签序列用于分析系统发生关系。利用此方法，我们首次对10个在全基因组水平上分析了它们的系统发生关系。 我们利用454 GSFLX技术对虾夷扇贝的转录组进行了测序，测序共产生805,330条有效序列，拼接获得32,590条contig，平均测序深度5.8。拼接后的序列与公共数据库进行BlastX，获得了25,237个unigeneGO分类和KEGG代谢通路定位表明这些基因涵盖了各个生物学功能和代谢途径获得了大量生长，繁殖和免疫相关的候选基因 3 虾夷扇贝全基因组框架图的绘制 虾夷扇贝的基因组含量为1.47 Gb本研究采取全基因组鸟枪法策略，利用新高通量测序技术，对虾夷扇贝的基因组进行了从头测序和组装4,800 bp。基因组scaffold覆盖了约90%的转录组序列，预测基因总数为21,300，总长122,144,014 bp，占scaffold总长的15.8%，平均长度21,301 bp。每个基因平均含有4个外显子和3个内含子，平均长度分别为1,511 bp和3,420 bp。基因的注释效率超过50%。反转录转座子、DNA转座子以及简单重复序列分别占基因组的0.06%，0.01%和0.22%。本研究为虾夷扇贝的基因组学研究提供了大量基因组序列和结构信息，为了解贝类的进化历史、适应环境的分子机制以及生长、发育、繁殖等生物学基本过程提供了重要的资料osmid文库的构建是配合虾夷扇贝全基因组的重要工作之一，将为物理图谱的构建、基因组测序工作的顺利进行、以及遗传图谱、物理图谱的整合奠定基础，同时也是基因染色体定位、图位克隆所必备的资源。 关键词：虾夷扇贝；全