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2017-06-11 发布于湖北
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服务器使用及实验室数据介绍报告人：张玉娟安装程序： SSH ：服务器登陆操作 EditPlus ：编辑查看程序 UltraEdit ：编辑查看序列 1. 了解Linux系统基本命令 cd; ls 等等 2. 生物信息用软件命令 blast 等等服务器操作流程： 1. 安装SSH 2. 登陆：内网 120.94.179.252 用户名：class 密码： 123 传输文件终端命令行一、BLAST 基本命令： formatdb -i *.fasta -p T blastall -p blastp -i ** -d * -e 1e-4 (-m 4) -o （*** .blast）二、Key words search Perl extract1.pl a.sin…… 三、find motif Perl extract_motif1.pl 85-Unigene.blast.protein.fa 四、序列比对 1.不同的序列情况采用不同的比对方法； 2.T-coffee （改为clustalw等，但没用验证能不能用）？？？？？ t_coffee x.fasta -output clustalw, html, phylip 四、构建系统发生树 1.葱蝇转录组； 7个表达谱 2.中华按蚊转录组； 6个表达谱；小RNA；基因组服务器操作流程：安装SSH 设置静态IP 2. 登陆：内网 120.94.179.252 用户名：密码：传输文件终端命令行直接点开每个文件夹介绍……… * 一、服务器使用 PhyML_3.0_linux64 PhyML_3.0_linux64 -i *.phylip -d aa 五、查看、编辑进化树 Njplot 二、实验室数据介绍 *