重大疾病计算系统生物学 01变异.pptVIP

SNP与转录异构 SNP影响蛋白质功能 microRNA靶位点多态作用 疾病关联的CNV识别 SNP、CNV、环境与疾病 饮食与人类淀粉酶CNV变化 Genome-wide association study of copy number variation in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls Genome-wide association study of copy number variation in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls 常用分析软件PLINK 生理指标与疾病发生的数量关系 基因组范围关联分析与风险基因定位 常见变异常见疾病假说 GWAs流程示意 连锁不平衡假说 基因组范围关联研究方法 肺癌的基因组范围关联研究可视化结果 显著关联的肺癌风险SNP 肺癌基因定位 基因组范围关联研究——精细定位（Fine Mapping) 第二代GWAs: 风险通路优化 第二代GWAs: 风险子网筛选 数量性状的遗传定位（QTL） 数量性状分析的基本流程 QTL和eQTL 单核苷酸多态的功能体现 系统遗传学 SNP与成人身高 身高的数量性状分析 基因定位与结果注释 生理指标与SNP基因型关联性 多数据层面的meta分析 dbGap: 基因型与表型数据存储 Nature Genetics中的GWAs (2005-2011) Meta分析的基本流程 Meta分析中的数据整合 Meta分析研究2型糖尿病 身高的meta分析 SNP\SNV功能性分析 单核苷酸多态引起的功能变化 徐良德 生物信息科学与技术学院 任意两人之间~99.8%的相似性 剩下的0.2%呢？ 人类变异组（多态组） 人类变异组学与表型和疾病 单核苷酸多态、单体型与老年斑的形成 插入删除多态导致花朵的颜色差异 拷贝数多态与老鼠的适应性毛色变化 多态研究发展史 关联研究与复杂疾病基因定位研究成果 SNP相关的基本概念 关联研究识别疾病风险基因研究策略（以SNP为例） 候选疾病基因验证与 风险SNP识别 候选疾病基因 基因与疾病潜在的相关性 作用机理 功能类 高通量计算 分子实验 群体移植 候选基因的筛选 研究流程 SNP筛选原则 dbSNP与人类多态存储 /projects/SNP/ HapMap: 国际人类基因组单体型图计划 / /biomart/martview/50fe71de2801008a858746a71f63bbf0 临床样本筛选 APOM基因上的SNP SNP的低通量分型技术：限制性内切酶法 AG CT Alu I 内切酶位点 样品A AT CT 内切酶位点突变 样品B X 500bp 200bp G/G G/T T/T 700bp 500bp 200bp 片段长度 限制性内切酶方法、基因芯片方法获得的SNP数据格式 APOM基因与2型糖尿病关联性 PLA2G7与冠心病（群体移植性） 生理指标描述 单位点关联分析 多位点单体型关联分析