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大家好我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围这几个软件分别是和在介绍软件之前我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题进化树也称种系树英文名叫对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤要对所分析的多序列目标进行排列做的软件很多最经常使用的有和前者是在下的而后者是在下的要构建一个进化树构建进化树的算法主要分为两类独立元素法和距离依靠法所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基氨基酸的状态决定的例如一个序列上可能包含很多的酶切位点而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状
大家好：
我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN（LINUX）。
在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。
进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。⑵ 要构建一个进化树（To r
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