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第七章 补充材料 分子进化的计算分析 内容提要 1. 分子进化及系统发育分析的介绍； 2. 系统发育树的构建方法； 3. MEGA软件的使用； 内容提要 1. 分子进化及系统发育分析的介绍； 2. 系统发育树的构建方法； 3. MEGA软件的使用； 什么是分子进化 1. 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论； 2. 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和蛋白质分子； 3.核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息； 分子进化的模式 1. 单个碱基对的改变，替代，或者点突变； 2. Indels：插入或者缺失； 3. 基因复制：多基因家族的产生以及伪基因的产生； A. 单个基因复制 – 转座或者逆转录； B. 染色体片断复制； C. 基因组复制； 分子进化的理论 1. 阳性选择，适应性进化，达尔文进化：DNA分子显著出现非同义替代，改变编码蛋白质的氨基酸组成，并产生新的功能； 2. 阴性选择，净化选择：DNA分子的同义替代显著，较少改变蛋白质的氨基酸组成，其原来的功能高度保守； 3. 中性进化：同义替代与非同义替代比例相当，突变不好不坏，不改变或轻微改变蛋白质的功能。 同义替代 vs. 非同义替代 Ka/Ks：计算及含义 1. Ka：每个非同义位点的非同义替代数目； 2. Ks：每个同义位点的同义替代数目； 3. 一般计算公式：考虑序列上所有可能的