chromas使用说明.docVIP

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关于Chromas使用说明: Chromas应用程序可以用来查看和编辑DNA的峰形图,图谱文件一般为SCF格式(*.scf),您一般所收到的email和测序报告的磁盘中的图谱文件一般都是SCF格式的,此软件的主要使用方法如下: 打开email后,把附件中的所有文件保存到硬盘,先阅读使用说明,然后运行Chromas补丁文件,接着双击打开Chromas应用程序,图1为打开Chromas后的程序界面。 图1 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮,打开文件。 如图 2,找到您存放email结果的目录,选中一个图谱文件(在此以图谱A为例)。 图2 打开了图谱文件以后,窗口内显示的是测序结果的峰形图. 如图3。由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。 双脱氧终止法测序是从引物3端之后第一个碱基开始测序.没有测序的引物序列. 测序时,由于荧光染料的干扰,测序结果在引物3端后面的10至30个,严重时可能达到70个以上碱基不一定能够准确判读,需你根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断 如图在第一个位置处漏读了一个A,在第五和第六个碱基中间,测序仪漏读了一个A碱基,第二个碱基测序仪把C和A两个碱基误读为一个N值等。由于染料单体的干扰和迁移率的原因,这些问题较多的发生在序列的起始的部分。这些机器造成的错误可以人为的把其校正修改过来。图4为修改后的序列图谱。 但并不是所有的N值都可以校正,在此以PCR样品的B序列图谱为例,如图5,此序列在79bp后许多地方有N值,由于样品突变的原因,该序列中明显包含两种模板,因此有两套峰,这些N值是不能正确校正的,只能将该样品进行克隆后进行测序。 由于测序胶体迁移率的原因,一般的样品在500bp后峰形会有所变差,这样只能根据峰形作适当的修改,随着往后的峰形越差,能辨别的程度也就越低,若要确切的知道后面的序列,建议根据情况加测反应。 要提醒的是,校正碱基一定要根据峰形来作适当的校正,一个峰对应一个碱基,不可盲目修改。 图3 图4 图5 可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列,“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式,“FASTA Format”可把序列复制为FASTA格式,然后把内容粘贴到文本编辑器中,如记事本,如图6。 图6 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补,如图7。 图7 另外,还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件,导出文件时可以选三种不同的格式:“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图8。导出后的文件SEQ格式,即我们email给您的结果中的序列文件。 图8

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