mummer使用.doc

一、MUMmer3.22简介： DNA和核苷酸的快速比对软件包。基于suffix tree 数据结构，快速、图形化、模块可用于其他软件、可进行大基因组比对、多对多基因组比对。 二、MUMmer3.22中五个常用的包：mummer、nucmer、promer、run-mummer1、run-mummer3 1、mummer Mumme有效定位两序列的maximal unique matches，适用于产生准确匹配的列表，可以用点图表示出来，或者用作双向比对的anchors。 mummer [options] reference file query file1 . . . [query file32] 一个reference文件和至少一个query文件，Fast-A格式。大小写都可以，这样DNA和蛋白质序列都可以比对。query最多32个文件，但每个文件中包含的序列数没有限制。 2、NUCmer NUCmer适用于亲缘关系较近的多核苷酸序列比对。首先找出给定长度的最大准确匹配，然后将这些匹配结果聚簇形成大的不精确的比对区，最后从每个匹配向外延伸将聚簇连接成单一的高打分pair-wise alignment。NUCmer适用于定位高度保守的DNA序列区。通过增加NUCmer的精确度，找到感兴趣的序列，独一无二的序列（减少重复序列）。 nucmer [options] refer