医疗领域研究思路精要.pptx

高通量测序 其他医学领域研究思路;研究方向;发育与组织分化;组织分化（histo-differentiation，histogen-esis，tissue-differentiation ）系指多细胞生物从未分化的细胞群，形成具有特定的形态和机能的组织过程。;配子在形成过程中 基因组经历了去甲基化和重新甲基化的过程：在这个过程中形成了配子特有的甲基化模式和印记基因 早期胚胎发育过程中 基因组同样经历了去甲基化和重新甲基化的过程：在这个过程中去除了亲代配子的甲基化模式，并形成了胚胎自身的甲基化模式，但印记基因没有变化;性成熟个体;甲基化测序， hiseq2000/2500平台。 ;实验材料;DNA去甲基化;组蛋白与甲基化;越来越多的研究表明，非编码RNA（miRNA和lncRNA）在哺乳动物胚胎早期发育与细胞分化过程中扮演着重要角色。然而，目前的研究仍处于具有重要功能的非编码RNA的发掘与功能验证阶段，对于非编码RNA调节基因表达的分子机理仍需深入研究，特别是不同非编码RNA在多个靶基因表达过程中的协同调控作。; Braveheart , a Long Noncoding RNA Required for Cardiovascular Lineage Commitment Braveheart (Bvht);对小鼠多分化阶段的胚胎干细胞（Embryonic Stem Cells, ESCs）与成年小鼠大脑、肝脏和骨骼肌肉组织进行长链非编码RNA测序研究后，发现了一种与心脏功能相关的长链非编码RNA，Braveheart（Bvht）。 测序平台：Illumina Hiseq 2000 2*100bp ~10Gb;对小鼠不同分化时期的胚胎干细胞进行了lncRNA测序后，鉴定出了47个在ESCs中高表达但在其他三种组织中中等表达的lncRNA;利用RACE（rapid amplification of cDNA ends）技术与lncRNA测序数据结合分析后发现，bvht（AK143260）是一种包含三个外显子的590nt长的转录本;;与对照组比较，沉默bvht之后0、3、6、9天后组织中表达量改变3X以上基因转录本热图;;研究人员对来自幼年、青春期、成年及老年的雌雄Fischer 344大鼠、涵盖11种器官的320个样本进行了RNA测序，由此构建出了一张综合大鼠转录组图谱。绘制出40,064个基因和65,167种转录物表达谱，其中包括31,909种选择性剪接转录变异体和2,367中非编码基因/非编码RNAs(ncRNAs)。 他们发现一些器官富集、差异性表达的基因反映出已知的器官特异性生物活性。大量的转录物显示器官特异性、年龄依赖性或性别特异性的差异表达模式。;基因表达情况;药物/治疗;药物在生物体内能够发挥各种生理作用，本质在于药物与生物体内的各种靶点产生特异性和非特异性结合，从而影响生物的各种生理过程。 非特异性结构药物与药物的其化学结构关系较小，主要受药物的理化性质的影响。特异性结构药物的作用主要通过药物分子与受体（生物大分子）的有效结合。;受体 (包括离子通道） 酶 核酸 载体蛋白 类脂 糖类 在目前的上市药物中，以受体为靶点的占58％，以酶为靶点的占22％，核酸的占3％，其他靶点占17％。 ;目前，药物虽然都是通过基于表型或靶标的机制。然而研究人员通常并不清楚药物发挥作用具体的途径和原因。阿司匹林就是一个范例。尽管它被开发出来已超过一个世纪，但到现在我们仍不清楚它的详细机制。;RNA-Sequencing Analysis of HepG2 Cells Treated with Atorvastatin;药物处理后121个基因表达量发生改变。其中110个基因表达量上调，11个基因表达量下降。;功能注释;发现了98个已知的可变剪接，其中11个基因发现可变剪接但是表达量上没有差异。;Acupuncture Promotes Angiogenesis after Myocardial Ischemia through H3K9 Acetylation Regulation at VEGF Gene;心肌损伤;差异表达基因;;H3K9乙酰化导致VEGF上调;可能的分子机制;免疫; Next-generation sequencing of small RNAs from HIV-infected cells identifies phased microRNA expression patterns and candidate novel microRNAs differentially expressed upon infection;5小时和12小时处理样本中鉴定得到的差异表达microRNAs很少，24小时处理的样本中，差异