土壤环境基因组技术及其在新药发现中的应用论文.docVIP

　　土壤环境基因组技术及其在新药发现中的应用论文 闫珠君 崔晓龙 李铭刚 李一青 彭谦 文孟良 【关键词】 药物发现；,,环境基因组；,,未被纯培养微生物；,,土壤DNA文库；,生物活性物质 摘要： 土壤是微生物最重要的生境，土壤微生物具有极大的多样性。然而传统培养技术只能得到约1%的微生物纯培养，其余都是未被纯培养微生物。利用土壤环境基因组技术，可以把未被纯培养微生物的基因克隆到载体中并在宿主中进行表达，获得比已培养微生物丰富的代谢产物多样性，这为我们发现新颖结构先导化合物以及新药开辟了新的道路。本文介绍应用环境基因组技术构建土壤DNA文库的思路和方法。 关键词： 药物发现； 环境基因组； 未被纯培养微生物； 土壤DNA文库； 生物活性物质 Soil metagenomics and its application for neost important habitat for microbes. Soil microbes are of considerable diversity. Hoicrobes are cultivable icroorganisms. The gene of uncultured microorganisms can be cloned to vectors and expressed in host by soil metagenomics. Highly diversified metabolites can be obtained than those obtained from cultured microorganisms, ethod of constructing a soil DNA library by metagenomics is introduced.KEY etagenomics; Asyet uncultured microorganisms; Soil DNA library; Bioactive substance 自从1928年Alexander Fleming发现点青霉中存在抗菌物质后，在微生物次级代谢产物中寻找药物就一直是药物发现的热点之一。传统的微生物药物筛选方法是从环境中分离培养微生物，并对纯培养进行发酵以获得特定生理条件下的次级代谢产物.freelicroorganism)蕴藏着一大批未开发的药物资源。通过环境基因组(metagenomics)的方法，即从土壤样品中提取总DNA，纯化，部分降解，把酶切片断放入载体中，在诸如大肠埃希菌等容易发酵的微生物中表达。人们已开始探索这一未知领域，并报道了由新颖序列编码的表达酶活性和抗生素活性的克隆［2］。 1 土壤中微生物的多样性 土壤微生物是最有价值的天然产物源泉之一，它们提供了许多工业上十分重要的抗生素以及生物催化剂。芽孢杆菌、丝状真菌、放线菌以及粘细菌都有惊人的产生多样化次级代谢产物的能力。Hammond估计地球上的微生物物种多达16×109，广泛分布于各种生态系统中［3］，其中，土壤无论从微生物数量和种类上都是首屈一指的生境。运用重组动力学的方法，Torsvik等估计1克土壤中约有大于4000种不同的微生物［4］，而这个数字到2002年已增长为10000种［5］。但是，运用现有的技术，只有02%～2%的土壤微生物是可培养的［6］，重复发现的机率极高，例如放线菌中抗生素重复发现的概率已达到99%［7］。对于细菌来说，现有的培养技术无法满足微生物生长需求是一个重要原因，许多微生物需要借助土壤中特殊的营养成分、土壤颗粒或者不同细胞间的信号来完成重要的生理功能；对于真菌，取样不足可能导致了人们对其多样性的低估。幸运的是，土壤微生物资源并未开发殆尽，人们正在努力寻找开发未被纯培养微生物或难培养微生物的方法。Button等用稀释培养的方法培养了贫营养水环境中的细菌，并证明添加营养刺激少数微生物生长的同时，抑制了绝大多数微生物的生长［8］。还有人模拟微生物的自然环境来优化离体的纯培养物分离。这些方法一定程度上证明了未被纯培养微生物的广泛存在，同时也启发了研究未被纯培养微生物的新思路。 2 环境基因组技术 随着基因组技术的发展，人们开始用分子生物学的方法来研究微生物间的进化关系和遗传信息的功能关系。环境基因组又称多源基因组或宏基因组，是指从环境中提取总的DNA，对其进行遗传学和功能学的研究。优点是不但可以原始地反映环境样品中所有生物的遗传多样性，避开难培养这一技术瓶颈，而且可以把细胞外的DNA一并研究。通过环境基因组的方法可以获得越来越多的DNA序列，且大都是新颖的未被纯培养微生物的序列。运用环境基因组序列不但可以使我们逐渐了解微生物群落功能的复杂性，以及微生物间的相互作用关系，而且可以使我们深入了解