隐式溶剂模型精要.docVIP

Poisson-Boltzmann, PB模型============================在量子化学计算和使用经典分子力学进行模拟中，常会用到隐式溶剂模型，特别是作为一种快速估算溶剂化自由能的方法，在蛋白-底物分子作用计算，和蛋白质折叠等方面特别有用。量子化学gauss中，还会经常用来估算溶剂中某些分子的pKa。那么，隐式溶剂如何做到不使用溶剂而估算溶剂的影响呢？它的原理是什么？我们首先从最基本的问题谈起，即溶剂化效应是怎么回事。溶剂化效应是发生在溶剂中的很多化学现象的关键。它影响反应的自由能势能面，改变反应速率和热力学平衡。我们知道，一旦知道一个反应的势能面，我们就知道了它的全部热力学和动力学信息。举个例子，比如乙烷的二面角的旋转，如果我们把二面角作为反应坐标，则如果我们知道了这个旋转势能面，那么我们就知道了每个二面角取值的能量（势能），那么根据Boltzmann分布，我们可以计算任意温度下，乙烷对各二面角取值的分布概率:{P_{torsion}}=exp(-E_{torsion}/kT) / P_0}{P_{torsion}}是能量为{E_{torsion}}的构象的权重，而P0是配分函数，P0是把所有构象的权重加起来。这个概率就是所谓的热力学平衡分布，即体系平衡后某构象的浓度等于总浓度乘以该构象的概率：{C_{torsion} = C_{total} * P_{torsion}}而动力学，就是翻越构象能垒的速率，可由能垒高度ΔE得到：反应速率常数：{ k= exp^{-\Delta E/kT}}反应速率由阿伦尼乌斯公式，即产物浓度变化:{ d/dt = A*k*C_{reactant}} (C_reactant为反应物浓度)由上面可知反应势能面真的很厉害。有了反应势能面，别无他求。有些初学者往往觉得跑个Gauss没什么，做MD才给力。其实，如果量子化学计算能够计算势能面，干嘛要跑MD呢？MD不过是模拟体系在那个势能面上随时间的变化而已。不过，量子化学计算个单分子在气相中的反应，搜个过渡态啥的，很准确。但是对于溶剂中的反应呢？这时候，溶剂的作用，即溶剂分子在反应物分子周围来来往往的影响就不能不考虑了。回到上面乙烷的例子，如果在水里面旋转，肯定要受到水分子的阻力什么的影响。那么多的水分子，随便哪个分子动一下，阻力就不一样，这就是熵效应，即所有水分子的不同构象对乙烷旋转势能面的影响。在考虑了周围溶剂的影响后，乙烷的势能面已经不叫势能面了，而叫旋转自由能势能面。自由能包括内能和熵两个部分。当然，熵不仅包括溶剂的，也包括乙烷自身的构象熵，比如它自身在水里面的振动，转动，平动，都影响最后的自由能势能面结果。那么，怎么考虑溶剂化效应对反应的势能面的影响呢？即，如果我们要计算自由能势能面，那有2个方法：第一，跑MD，随机模拟溶液体系的一些构象，然后根据体系中乙烷取各构象的概率，反推出自由能势能面；第二，不跑MD，还是用量子化学的方法来计算单个乙烷的旋转势能面，但是使用隐式溶剂模型，即使用一个经验的公式，来把溶剂的影响的平均结果考虑进来，这样，直接得出自由能势能面。怎么平均化溶剂作用影响呢？学过高中物理的都知道，设置一个等效介电常数。即，真空中两电荷作用力 {F= (1/4\pi\epsilon_0)*q_1*q_2/r^2 }那，放到溶剂中，{F= 1/4\pi\epsilon0*\epsilon_r*q_1*q_2/r^2 }比如，水的{\epsilon_r=78 }当然，我们在拉格朗日图景中，要使用能量而不是牛顿力学中的力。即，我们要求的双点电荷的Coulomb势能U(r12)：{U(r_{12})=(1/4\pi\epsilon_0)*q_1*q_2/r }十分简单。But，wait a minute...实际的隐式溶剂模型，并不使用Coulomb公式，而是使用Poisson-Boltzmann公式！！！为什么呢？ 模型不一样。Coulomb公式用的是点电荷模型，q1, q2，距离r。但是，对于真实的分子，是由原子核加核外电子云构成，电子云是有体积的。量子化学计算就是核外电子云的密度变化。即使是使用经典分子力学力场， AMBER, CHARMM什么的，也是把原子看成是带电荷的，有半径r的球的，这样，必然每个原子附近都有不同的电荷密度。如果把原子看作点电荷，进行对加和计算，则收敛慢且截断误差很大。一个更聪明，更快速的办法是：把体系分成均匀格点，计算每个格点的静电势Φ(r)，然后在该点上的电荷q(r)所具有的能量则为{U(r) = q(r)*\phi(r) }这样，最后把各点上的U(r)加起来，就得到总的静电势能U(注意静电势与静电势能的差别)。这就是Poisson方法的思想。Po